中国音乐学院音乐研究所于1964年建院时成立。最初，作为重点教学机构对外相对独立。其主旨是通过音乐创作和学术研究促进教学，争取将新的作品和学术成果及时地转化为教学资源。

1980年中国音乐学院复院以后，音乐研究所一度更名为“创研部”，又于1996年改制成为研究部。除了主要负责全院科研管理工作之外，还要承担研究生培养、本科后管理继续教育的 工作，下设了研究生办公室、学科建设办公室、科研办公室和国乐馆。2004年在学院领导的关心和领导下，根据部门的学术特点，成立了中国音乐学院音乐研究所。

目前，中国音乐学院音乐研究所在积极配合学院的专家委员会来组织、实施对全院重大科研项目及学术活动，进行学术咨询和探讨等方面工作的同时，也承担了学院的学术活动和对外的学术交流活动。其中，“中国音乐学术交流网”作 为中国音乐学院音乐研究所的学术特色，力求为国内外学者提供学术交流的平台。中国音乐学院音乐研究所汇集了樊祖荫、李西安、杨通八、高为杰、张维良、吴文光、陈铭道、张静蔚、谢嘉幸等著名音乐理论家，为中国音乐学院音乐研究所的各项工作的开展，提供了强有力的学术依据。