总部制是历史形成的，对推动中国军队建设发展、保证各项重大任务完成发挥了十分重要的作用。随着形势和任务发展，这种体制存在的问题也日益凸显。中央军事委员会将总部制改为多部门制（由四总部整编为十五个职能部门），是按照军委管总、战区主战、军种主建的总原则，优化军委机关职能，充实协调职能，使军委机关成为军委的参谋机关、执行机关、服务机关。这样调整，有利于坚持党对军队绝对领导和军委集中统一领导，有利于军委机关履行战略谋划和宏观管理职能，有利于加强权力运行制约和监督。
1949年11月11日，
中央人民政府人民革命军事委员会办公厅在北京
中南海成立，为中央军委的办事机构。 1954年10月，改称中共中央军事委员会办公厅（简称“军委办公厅”），同时兼
中华人民共和国国防部办公厅（简称“国防部办公厅”）。军委办公厅的日常工作由秘书长、副秘书长主持。