秦设丞相、太尉和御史大夫，组成中枢机构。丞相管行政、太尉管军事、御史大夫管监察和秘书工作。汉代设九卿，分管各方面政务，后世又演变为三省六部制。三省为中书省（决策）、门下省（审议）、尚书省（执行），三省的长官都是宰相。宋代中书省职权扩大，同枢密院分掌文武大权，门下、尚书省遂废。明代内阁为最高政务机构，内阁大臣称为辅臣，首席称首辅（即宰相）。清代有军机处，王、公、尚书等为军机大臣，掌握政府大权。
六部
是指“吏部，管官吏任免、考核、升降等事；户部，管土地户口、赋税财政等事；礼部，管典礼、科学、学校等事；兵部，管军事；刑部，管司法刑狱；工部，管工程营造、屯田水利等事”。各部长官为尚书，副职为侍郎。下设郎中，副职称员外郎，下属官员有主事等。
寺即官署
九寺即九卿之官署。汉始设九卿以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府谓之九寺大卿。历代略有变动，迄于清皆因之。
（1）光禄寺：掌宫廷宿卫及侍从，北齐以后掌膳食帐幕，唐以后始专司膳。
（2）太仆寺：掌舆马畜牧之事。
（3）太常寺：秦署奉常，汉改太常，掌宗庙礼仪。
（4）宗正寺：掌天子宗族事，明以后改为宗人府。
（5）大理寺：掌刑狱案件审理，清改大理院。
（6）卫尉寺：掌门卫屯兵，隋改为军器仪仗、帐幕之类，明废。
（7）鸿胪寺：秦曰典客，汉改大鸿胪，掌赞导相礼。鸿，声也，胪，传也，传声赞导，故曰鸿胪。
（8）少府寺：掌山泽之事，后又掌宫中服饰衣物、宝货珍贵之物，隋改为监，历代因之，明始废。
（9）太府寺：即大司农，掌钱谷金帛诸货币。
此外，中央还设有专门机构和官员，负责管理图书、编修历史、制定历法等工作。如司马迁、张衡曾任太史令。高启为翰林国史编修等。