亚太研究院由国际关系学系、
东南亚研究所、韩国研究所、
美国研究中心、台湾研究所、港澳研究所组成。此外亚太研究院还有两个建制独立的机构，即学位学科评议组和教师职务聘任委员会。
根据需要，今后还可能建立新的相关机构，中大国际关系学系从政治与公共事务管理学院（政务学院）划入亚太研究院，而同时历史系的数名教授出任研究院负责人。因此，亚太研究院在学科上和政务学院、在行政上和历史系的关系非常密切。
中山大学成立亚太研究院，是出于国家发展的需要和学科发展的需要。亚太研究院对四大问题加以重视：一是人才培养，是特别本科生教育；二是队伍建设，锻造区域和国别科研队伍；三是学科建设；四是开展科学研究。