中山大学水生经济动物研究所是成立于1995年的研究所，现任所长为林浩然院士。

为贯彻“科教兴粤”战略，提高重点学科动物学水平，不断增强学科的科技持续创新能力和科学技术储备后劲，本研究所在深入开展基础研究的前提下，进一步强化应用基础研究和应用研究，明确树立为国民经济建设服务和培养高级科技人才的指导思想，发挥地处华南热带和面向南海的区域优势；在40多年的科学研究基础上以及先后取得世界银行贷款资助、作为中山大学“211”工程重点建设的学科领域等有利条件支撑下，依托生命科学的发展，加强生理学、生物化学、分子生物学、生态学、免疫学、信息科学等多学科的渗透，充分运用现代生物工程技术，进一步发展原有研究方向，继续开拓新的研究领域，建设成为能从基因、分子、细胞、个体、群体五个层次开展研究、创新能力强、人员结构合理、科技水平高的研究所，紧密结合水产养殖生产中急需解决的重大问题开展研究，创建高新技术，造就高技术人才，成为广东省以及华南地区水生经济动物产业化持续发展的人才和技术培育基地。

水生经济动物研究所的主要研究方向为：水生经济动物繁殖和生长发育的高新技术；水生经济动物的营养需求和饵料配方；水生经济动物的病害控制技术。

研究所四年来（2008-2011年）围绕水生经济动物繁殖和生长发育的高新科学技术、水生经济动物的营养需求和饲料配方、水生经济动物的病害控制科学技术三个研究方向开展研究，共承担科研项目110项，获得科研经费5375.9万元。

四年（2008-2011年）取得的研究成果主要表现为：1、发表科学论文197篇，其中SCI收录论文140篇；2、申请发明专利15项，其中已获授权9项；3、获得教育部科学技术进步一等奖2项，广东省科学技术进步一等奖2项，广东省科学技术突出贡献奖1项；4、20多项科学研究成果已经推广应用，取得显著经济效益、社会效益和生态效益。

研究所已形成一支学科结构合理，老中青结合，以中青年为主的富有创新意识的研究队伍，总人数为25人，其中院士1名，教授（其中研究员1名）10名，平均年龄为46.6岁；副教授5名，平均年龄为42.2岁，讲师6名，平均年龄为35.5岁；他们当中获博士学位18人，占86%。研究人员的学科背景涵盖动物学、生理学、水生物学、海洋生物学、生态学、生物化学、免疫学、发育生物学、分子生物学和现代生物工程技术等方面，研究水平处于国内领先和国际先进水平。

研究所已成为高级人才培养基地，四年来培养研究生358名；其中，已毕业硕士研究生85人，已毕业博士研究生74人；在读的硕士研究生93人，在读博士研究生106人。另外还培养博士后7人。毕业的研究生已成为广东省和全国水生经济动物教学和研究的专门人才和技术骨干。

研究所积极开展国内外学术交流，四年来共有30多人次参加国际学术会议并做学术报告，有50多人次参加全国性学术会议进行学术交流；

建立了研究所的管理运作机制和相关制度。研究所的日常行政事务实行统一管理，由研究所的管理机构负责。研究所的研究方向由研究所学术委员会确定后，由相应的研究室组成研究团队开展研究工作。研究团队成员由学术带头人负责召集，并组织安排具体的科研任务和学术活动。

研究所的大型仪器设备实行统一管理和共享，但分别安置在相关的研究室，由研究所所长具体负责管理和安排使用。