中山大学逻辑与认知研究所成立于1997年。2000年，该所整合了学校数学系（数理逻辑、模糊逻辑）、计算科学系（
人工智能逻辑）、心理学系（认知科学、心智逻辑）、语言学系等从事逻辑学或相关学科的研究力量，组建了一个文理交叉的跨学科研究团队，成功申报并成为
教育部人文社会科学重点研究基地。
中山大学逻辑学研究的历史可追溯到杨芾荪教授、林铭钧教授、张华夏教授和侯广坤教授的教学和科研工作。他们奠定了本学科在逻辑学传统研究方向上的优势地位，并开创了中山大学在现代逻辑方面的教学和研究工作。1998年获逻辑学博士学位授予权，1999年本学科点成为广东省重点学科，2001年被列为逻辑学科全国重点学科。迄今为止，已开辟了非经典逻辑、数理逻辑、哲学逻辑、
人工智能逻辑、决策逻辑、心智逻辑、非形式逻辑、法律逻辑、佛教逻辑、逻辑哲学、逻辑与交流等众多研究方向。该所注重传统逻辑与现代逻辑结合、逻辑与认知结合、文理两条腿走路相结合、逻辑理论与逻辑应用相结合，面向国际前沿，勇于探索创新，成为全国逻辑学科建设和发展的一个模式，在国内哲学界享有很高的学术声望，并在国际同类领域具有一定的影响力。在2004年教育部基地评估中，中山大学逻辑与认知研究所以“优秀”通过了评估。
2000年以来，共承担各类科研项目45项，累计科研经费997.7万元。从项目级别来看，国家社科基金项目7项，共计46.2万元，
国家自然科学基金项目4项共54万元，教育部社科基金项目17项277.5万元（含
哲学社会科学重大攻关项目1项，
教育部人文社会科学重点研究基地重大项目9项），广东省社科基金项目4项6.4万元，
广东省教育厅项目2项11.5万元，国际合作交流项目3项22.1万元，学校项目12项580万元（其中985重点科学项目2项共450万元，211重点学科项目120万元）。
该所是一个高度国际化的研究机构，与美国斯坦福大学语言与信息研究中心，
美国匹兹堡大学哲学系，
美国辛辛那提大学计算科学系，美国卡内基－梅隆大学经济学系、美国加州大学伯克利分校哲学系、澳大利亚新南威尔士大学人工智能系，
德国帕德博恩大学计算科学系，荷兰阿姆斯特大学逻辑、语言与计算研究所，
荷兰阿姆斯特丹大学言语交际、论辩理论与修辞学系，俄国圣彼得堡大学数学学院，法国巴黎高师数学系等一批国际知名学术机构及其研究人员建设了长期的合作与交流关系。邀请国外学者来访讲学60余人次，其中，院士4人次（美国艺术与科学院院士Bob Brandom、俄国科学院院士Yuri Matiyasevich、俄国科学院院士Vittor Pliss和荷兰艺术与科学院院士Johan van Benthem）；派出学术骨干出国访问和学术交流20余人次。
20世纪中后期计算机科学的发展进入了知识处理和智能模拟领域。构造逻辑系统描述认知过程的特征，进行知识表达与处理， 研制新型软件,，这已是当代科技发展的要求，是逻辑学发展最有生命力的方向。这一方向的工作路线是：
从上述方向及其工作路线看, 当代逻辑学研究与传统逻辑学不同, 它具有跨学科和工程应用性的特点。由于人文社科界的逻辑学家，一方面掌握构造形式系统的方法; 另一方面注重对认知过程的哲学分析，这恰是上述方向中创新性研究的必不可少的环节。因此,在人文社科领域中展开逻辑,认知和计算机科学领域的交叉研究, 不仅是逻辑学科发展的要求, 更重要的是它合乎社会经济发展的要求, 合乎我国当前
科教兴国战略的要求. 中山大学逻辑与认知研究所面向上述前沿领域，以当代逻辑学理论,逻辑学的认知基础及它在高科技中的应用为主攻方向, 是一个产学研一体化的研究中心。