中性理论（neutral theory），或 更确切地应称为中性突变与随机漂移理论（neutral mutation and random genetic drift theory），是分子进化的重要理论之一。其核心为：大部分对种群的遗传结构与进化有贡献的分子突变在自然选择的意义上都是中性或近中性的，因而自然选择对这些突变并不起作用； 中性突变的进化是随机漂移的过程，或被固定在种群中，或消失。

日本人木村资生于1968年提出了中性理论，主要依据：

（1）蛋白质（根据电泳技术）存在如此高的多态性（一般生物的基因多态性高达10-20%），表明在分子水平上，生物进化受自然选择的作用很小，而是按一定的速率随机突变；

（2）蛋白质的突变速率（大概每年10个氨基酸）太高，如果蛋白质的进化是受自然选择的话，这个数目显得太高；

（3）尽管不同蛋白质的进化速率有快有慢，它们似乎都有一个固定不变的进化速率（所谓“分子钟”）；

（4）蛋白质的重要区域的进化速率要比别的区域慢，如果自然选择对蛋白质起作用的话，一个区域越重要，选择的压力就越大，它的进化速率就应该越快才对（寻找生命的逻辑—生物学观念的发展）。

（5）按照群体遗传学的数学模式计算出来的自然选择代价过高，不符合实际情况。

因此，木村认为，在分子水平，导致进化的原因并不是自然选择，而是突变压力和遗传漂变（田洺1998）。

迈尔（2009）对木村的理论进行了猛烈的抨击：考虑到基因并不是自然选择的靶子，因此，所谓的中性进化就是一个毫无意义的概念。

谢平（2013）指出，由于蛋白质决定生物有机体的结构和功能，因此，它应该是表型变异的分子基础，如果自然选择作用于表型，就必然作用于控制表型的物质基础—蛋白质。因此，从逻辑上来说，分子与表型、个体乃至物种之间的进化关系不可割裂。