丽江市东巴文化研究院是位于丽江市境内的研究机构，成立于1981年，曾用名“
云南省社会科学院东巴文化研究室”、“东巴文化研究所”，现已更名为“丽江市东巴文化研究院”。
丽江市东巴文化研究院的前身是1981年成立的
云南省社会科学院东巴文化研究室，1991年改为东巴文化研究所，2004年6月更名为丽江市东巴文化研究院。
纳西东巴古籍译注全集东巴文化艺术》画册，获第七届中国图书奖。2003年，由东巴文化研究所编纂完成和出版了《中国少数民族古籍总目提要·纳西族分卷》。2003年，编撰出版了《中国西南文献丛书·纳西族分卷》。 经过2000年至2003年三年的艰苦努力，由研究院收藏管理的897种东巴古籍文献，被联合国教科文组织世界记忆工程咨询委员会批准列入《世界记忆遗产名录》。 在整理纳西东巴古籍文献的过程中，东巴文化研究所还编印了《东巴经专有名词汉译规范》、《东巴经分类目录》、《纳西东巴经选译》、《纳西东巴古籍译注》（三集）、《滇川纳西族地区民俗和宗教调查》等一系列图书资料；丽江市东巴文化研究所与其他单位合作，摄制了8种东巴教仪式录像资料和45盘东巴诵经录音资料。 在抢救和整理东巴文化典籍的基础上，1998年至2003年，研究人员编著出版了《东巴象形文异写字汇编》、《东巴经典名句欣赏》、《异域之神的乐土》、《
纳西族与东巴文化》、《纳西族东巴文字画》、《东巴艺术》、《纳西象形文字字帖》、《东巴文化研究所论文选集》、《东巴文化论》（二集）等东巴文化工具性质的学术著作，为东巴文化的深入研究准备了条件。