乙巳士祸（을사사화）是指1545年朝鲜王朝外戚尹元衡一派（小尹）除掉另一外戚尹任一派（大尹）的事件。因大量士林牵连受祸，而1545年按干支纪年为乙巳年，故史称“乙巳士祸”。

己卯士祸后，经过灼鼠之变，朝鲜王朝进入“辛卯三奸”（沈贞、李沆、金克愊）和“丁酉三凶”（金安老、许沆、蔡无择）当政的权臣时代。在“丁酉三凶”之首金安老当权时，以保护朝鲜中宗第一继妃章敬王后所生的世子李峼为其名分，而中宗的第二继妃文定王后在1534年生下儿子（即明宗李峘，即位前封庆原大君），与金安老矛盾陡增，在1537年联合李峼的舅舅尹任除掉金安老。之后章敬王后系的外戚和文定王后系的外戚又前围绕王位继承问题开始对立，困双方都出自坡平尹氏，为加以区别，时人将前者称为“大尹”，后者称为“小尹”。由于李峼颇得士林之心，故以柳仁淑（曾于己卯士祸时受祸）为首的士林派大多归心于“大尹”，而另一部分士林派如林百龄则投入“小尹”。

1544年，中宗去世，李峼继位，是为仁宗。仁宗年已三十而无子，又体弱多病，王位应由弟弟庆原大君李峘继承，而这是“大尹”派不愿看到的。“大尹”领袖尹任曾提出“择贤说”，即在近支王室中选择贤人来继承仁宗的王位，但还没付诸实施，仁宗就于1545年七月去世了。庆原大君继位，是为明宗，其母文定王后垂帘听政。“大尹”猛攻“小尹”领袖尹元老，使其被流放，“小尹”另一领袖尹元衡则通过其妾郑兰贞入宫向文定王后说尹任的坏话和流言，文定王后遂下密旨于尹元衡，尹元衡则依据密旨，指使郑顺朋、李芑、林百龄、许磁等“小尹”派大臣于八月二十二日进宫上变告，举报尹任等在中宗时就危害明宗，明宗即位后“不自安”，有图谋不轨之嫌。于是文定王后流放尹任及其同党左议政柳灌、吏曹判书尹仁淑，八月二十八日在郑顺朋的请求下下旨赐死三大臣。

九月初一日，京畿道观察使金明胤举报尹任生前确有逆谋，欲立其外甥桂林君李瑠，中宗庶六子凤城君李岏也有嫌疑，于是事态开始扩大化。宫中也捡到了据称是尹任之前写给仁圣王后的密信，内有“欲移大位于公友（指凤城君）处”之语。九月初六日，尹任妻子的亲戚安世遇告变，称送这些信的人就是尹任的奴婢毛麟。经过对毛麟及尹任之妾玉梅香、儿子尹兴义、女婿李德应的审问，“择贤说”浮出水面，即绕开明宗、在李瑠和李岏中“择贤而立”。结果尹任成年的儿子和女婿李德应都被处死，桂林君李瑠被凌迟处死，凤城君李岏被流放，另有李辉、罗淑、罗湜、郑希登、朴光佑、郭珣、李中悦、李文楗等士林派陆续被赐死或流放。

乙巳士祸以后，告变与狱事仍层出不穷，如1547年良才驿壁书事件、1548年史官安名世受祸事件、1549年的李洪胤逆谋事件等，宋麟寿、李若冰、权橃、李彦迪、郑滋、卢守慎、柳希春、白仁杰、安名世等更多士林派被赐死或流放。 自乙巳士祸五六年间，死于非命者多达一百余人，尹元衡通过发动乙巳士祸等一系列政治肃清事件而垄断政权，如日中天。尹元衡倒台后，乙巳士祸亦未能得到平反，直到1577年才由朝鲜宣祖完全平反。

朝鲜王朝前期的士祸，无论是由勋旧势力还是宫中或外戚发动，受祸的一方基本都是新进士林，这种模式延续到后来的党争。不同点是士祸很大程度上起因于学统和政治理念上的分歧，而党争纯粹是为了掌握政权而展开的政治斗争。此外，受几次士祸影响，士林隐居故乡，专心治学，促进了性理学的发展。另一方面，隐居的士林建立了书院，作为士林的据点，并成为后世党论的策源地和朋党势力的温床。书院的发展及其性质是让朝鲜王朝政治文化特性和政治斗争具备新面貌的一大原因，因此备受关注。