1984年2月，在九三学社福建省委，中共厦门市委的领导下，在中共厦门市委统战部的指导和大力支持下，九三学社厦门市委员会筹备小组组成。1985年11月22日，九三学社厦门市委员会第一次社员代表大会在思明西路原民主大厦市政协礼堂隆重召开，宣告九三学社厦门市委员会正式成立。九三学社厦门市委员会不断加强自身建设，各级组织茁壮成长，从成立时的2个支社、3个小组，发展为8个委员会，42个支社，九三社员人教从最初的58人发展到1036人。2016年12月3日，九三学社厦门市第八次代表大会召开。大会选举产生九三学社厦门市第八届委员会，黄培强当选为九三学社厦门市第八届委员会主任委员。

九三学社厦门市委的新一届常务委员共16名。林金水、刘家俊、张玉生、杨槐、林少芬、吕鑫当选为副主任委员。

截至2016年6月，厦门九三学社共有社员1052人，主要来自高等教育、科学技术和医药卫生领域。近5年来发展社员226人，平均年龄36.6岁，具有高级职称的社员占据四成。

2021年12月15日，入选2018—2020年参政议政先进集体。