古人在这里兴修水利，建有九重水堰故称九重堰（即《钦定古今图书集成》方舆汇编第449卷/南阳府山川考/记载的九重堰在邓州西）。

1958年建九重人民公社，隶属于邓县（今邓州市）。

1969年1月26日，陶岔渠首枢纽工程在九重陶岔石盘岗开工。

20世纪70年代初南水北调中线工程初步竣工，丹江口水库水位上涨，淹没淅川大量土地。1972年12月，邓县九重、厚坡两个公社（共56个大队、573个生产队）划归淅川县，由此邓县所辖南水北调中线渠首所在地陶岔村划归淅川县，但邓县保留了渠首两岸100米的管辖权和行政机构管理权。

1984年改九重人民公社改为九重乡。

1996年九重乡升格为九重镇归淅川县管辖。

2024年九重镇辖25个行政村：大邹庄村，唐王桥村，更生村，夏庄村，桦栎扒村，刘沟村，九重村，薛岗村，王家村，王楼村，张楼村，张河村，太平村，高家村，孙营村，程营村，邹楼村，范岗村，王岗村，曾岗村，刘营村，陶岔村，武店村，张家村，周岗村

九重镇居民以汉族人为主，有部分蒙古族、回族，是河南境内少有的蒙古族聚居地。

蒙古族来源：公元1368年，朱元璋攻破大都(今北京)，推翻元朝。元镇殿四陀王准备北逃之际，明军封锁雁门关，四陀王无奈慌忙南逃，途经河南濮阳时被明军击溃，四陀王在交战中失踪，其孙为保全性命，遣散兵马渡过黄河，一路逃至镇平县晁陂镇一带，因此地不宜隐蔽，只得向西逃亡，在九重镇落脚并安居于此。新中国成立后，九重镇内蒙古族后裔一直要求恢复自己的民族身份，在1982年人口普查后，经上级部门考证，九重镇内蒙古族后裔被正式认定为蒙古族。如今，九重境内蒙古族人主要聚居于太平、九重、薛岗、王家四村，常住人口约8600人，经过几百年的变迁，其风俗习惯与当地汉族已基本一致。

九重镇属亚热带大陆性季风气候，适宜南北方多种植物繁衍。九重镇是全国优质软籽石榴生产基地，种植面积上万亩，年产量3.6万吨以上。同时，镇内种植金银花8000亩，红薯2800亩，烟叶2100亩，草莓800亩，猕猴桃600亩，艾草、甜叶菊等中草药材1360亩，丰富的物产资源成为带动九重人民生态致富的“恒业”。

九重为宋、金古战场所在地，境内现存张河新石器时代遗址、邹楼东汉古冢、明代唐王桥、呈祥寺古迹、禹王庙、成汤寺遗址等名胜古迹，文化积淀丰厚。同时，九重镇高标准打造了贯穿邹庄红色研学点、汤山湿地公园、南水北调中线渠首大坝、南水北调移民展览馆、京都果园、环库生态廊道、软籽石榴十里生态观光长廊、万亩金银花基地、陶岔风情小镇、渠首·北京小镇、汤山渔村等旅游节点的三条红色研学游、生态产业游、美丽乡村游路线，是研学、度假、疗养的理想去处。

近年来，九重镇按照“生态至上、绿色发展”思路，持续优化政策、土地、资金、科技、人才等要素配置，推动集镇产业建设迈上新的历史起点。一产稳中有新，持续巩固烟叶、红薯、林果、中草药等传统产业，大力发展高效红薯、大棚草莓等高效能产业，高标准打造了仁和康源万亩软籽石榴、唐王桥金银花、大邹庄“四千板块”等生态致富产业；二产扩张升级，打造软籽石榴酒、红薯粉条等渠首特色农副产品品牌，延长农副产业产业链；依托县产业集聚区优势，引进玉典矾业、九龙新能源、龙亘超新材料等6家超亿元企业入驻，做大做强工业经济；三产融合提质，整合渠首、邹庄村、移民精神等特色资源，打造了红色研学游、生态产业游、美丽乡村游三条精品旅游路线，旅游产业初具规模，初现成效。

2023年，九重镇税收突破2500万，营商环境优化效果明显，总引资3.08亿元的斗羊城、长盛新材料等4个重点项目相继落地投产。

2014年被命名为全国重点镇；2015年列为河南省经济发达镇行政管理体制改革试点镇；2017年、2019年复核保留“河南省文明村镇”；2018年确定为省级“乡村振兴示范镇”；2019年获得“首届南阳美丽山水乡镇”、“全市十大农业产业强镇”；2020年获河南省首批50个“美丽小镇”。2023年成功创建河南省第一批乡村建设示范镇、新一届河南省文明村镇、河南省科普教育基地，大邹庄成功创建3A景区及省级4A康养中心旅游村。