家有藏书楼为“小谟觞馆”，收藏图书甚多。各藏书家书目中颇多其旧藏的著录，如缪荃孙《艺风堂藏书记》、叶昌炽《缘裻庐日记》、傅增湘《
藏园群书题记》、王重民《
中国善本书提要》中，累累有其家藏旧本的著录，缪荃孙曾得到于氏的部分藏书，颇有宋元旧抄本，如《
韩忠献公遗事》、宋刻《梅花喜神谱》、影宋刊本《麟台故事》等，明本亦多。文学家张崧慕其藏书之富，寓居其家11年，将藏书研读殆尽。藏书印有“文登于氏小谟觞馆藏本”、“谟觞馆”、“红药书庄”、“于氏东始山房”、“昌进收藏”、“于秋溟家秘本”、“于或山字仲樽印”、“文登于氏小谟觞馆审定善本”、“于昌进珍藏”、“于昌进鉴藏”“不夜于氏藏书印”、“清俸买来”、“文登于氏小谟觞馆审定善本”等。弟于昌遂，字汉卿，禀贡生。候补知州。读书博学，在清代诗坛上有一席之地。亦喜藏书，家有“青棠红豆庐”，其藏书印有“汉卿寓目”、“种如何树人”、“昌遂”等。同族于熙学，字无学，藏书亦丰，著《铁槎樵语》。有藏书印曰“于秋溟家秘本”、“东始山房”、“于氏东始山房印记”等。