云南省农业科学院创立于1912年，是云南省人民政府直属的多学科、综合性、公益性、社会性的唯一农业科研机构。

1912年，民国政府在昆明创办了省农事试验场，在蒙自草坝成立现代农业试验所，并建设了中国第一口农村沼气池。

1936年，云南省开蒙垦殖局成立。

1938年，云南成立稻麦改进所，在车佛南茶区筹建“云南省思普区茶业试验场”。

1940年，省农事试验场并入稻麦改进所。

1946年，建立云南农业改进所。

1949年，垦殖局撤销，另成立草坝垦殖区管理处。

1950年，省政府组建了云南省农业试验站。

1951年，原草坝垦殖区管理处与蚕业新村公司合并改组，定名为云南省农林厅草坝农场，隶属农林厅。南糯山成立“云南省农林厅佛海茶叶试验场”（即今云南省农业科学院茶叶研究所）。

1956年，西南蚕丝公司草坝制种场更名为云南省农业厅草坝蚕种场。同年，食品工业部制糖工业管理局云南甘蔗试验站（云南省农业科学院甘蔗研究所前身）在开远县成立。

1958年，西南农业科学研究所与云南省农业试验站合并，成立云南省农业科学研究所。同年，云南甘蔗试验站下放云南省轻工厅领导，更名为云南省轻工研究所开远工作站。

1961年，云南甘蔗试验站下放红河州领导，同时开远甘蔗试验站和曲溪棉作试验站合并成红河州作物研究所。

1963年，红河州作物研究所收归云南省农业厅领导，改名开远甘蔗试验站。

1970年，草坝蚕种场下放由红河州革委会领导管理。

1973年，草坝蚕种场更名为云南省蚕桑研究所。

1974年，开远甘蔗试验站划归云南省农业厅领导，改名为云南省甘蔗科学研究所。

1976年，撤销云南省农业科学研究所，成立云南省农业科学院，并对省蚕桑科学研究所与甘蔗研究所等所实行全面领导，云南省甘蔗科学研究所划归云南省农业科学院领导，改名为云南省农业科学院甘蔗研究所。

1979年，云南省农科院蜜蜂研究所成立。

1990年，蚕桑科学研究所和蜜蜂研究所合并为蚕桑蜜蜂研究所。

2005年，云南省农科院红瑞柠檬研究所成立。

2010年，云南省农科院甘蔗研究所柠檬研究划入云南省农科院热经所。

2023年9月15日，云南省农业科学院怒江分院揭牌仪式在泸水举行。

2024年3月14日，“云南省农业科学院丘陵山区农业机械研究所”在云南省玉溪市江川区龙泉山生态工业园区揭牌成立。3月27日，云南省农业科学院曲靖分院揭牌成立。

根据2017年11月机构官网显示，科学院有在职职工1671人，在职专业技术人员1315人，其中正高级人员224人，副高级人员429人；新世纪国家百千万人才4人，云南省科技领军人才（院士后备人才）2人，国家科技创新领军人才1人，“云岭学者”2人，云南产业技术领军人才9人；引进9名院士专家合作设立院士工作站，院内35名专家获准设立38个专家基层工作站；云南省学术技术带头人和技术创新人才115人，省委联系专家23人，省级团队10个，农业部团队3个，全国农业科研杰出人才3人，引进高端科技人才（含海外高层人才）10人；全院29名专家担任国家农业产业技术体系岗位科学家和综合试验站站长，48名专家担任省农业产业技术体系首席科学家和岗位专家。

国家百千万人才（2人）：番兴明、程在全

国家万人计划科技创新领军人才（1人）：王继华

国务院特殊津贴专家（2人）：番兴明、吴才文

国家中青年科技创新领军人才（1人）：王继华

国家有突出贡献中青年专家（1人）：番兴明

农业部全国农业科研杰出人才（1人）：王继华

云南省“云岭学者”（2人）：唐开学、张仲凯

云南省科技领军人才（2人）：袁平荣、番兴明、王继华

根据2017年11月机构官网显示，全院下设17个专业研究所，其中昆明有11个研究所，其他6个研究所分布在楚雄、保山、红河、版纳、丽江等5个州（市）；拥有国家观赏园艺工程技术研究中心等科技创新平台173个。

国家级科研机构（6个）：国家水稻改良（云南）分中心、国家果树种质云南特有果树砧木资源圃、中国绿色食品定点监测中心（昆明）、国家糖料云南甘蔗品种改良分中心、国家甘蔗种质资源圃、国家种质勐海茶树分圃

农业部科研机构（5个）：农业部南方大豆原原种繁育中心、农业部南方高原农业生物技术重点开放实验室、农业部花卉质量监督检验测试中心（昆明）、农业部农产品质量监督检验测试中心（昆明）、农业部植物新品种测试（昆明）分中心

云南省科研机构（3个）：云南省农作物原原种繁育中心、云南省生物技术重点实验室、云南省蔬菜良种繁育基地

共建科研机构（7个）：共建云南省农科院文山丘北辣椒研究所、共建云南省农科院富源魔芋研究所、共建云南省农科院曲靖万寿菊研究所、共建云南省农科院文山药用植物试验研究基地、共建云南省农科院红瑞柠檬研究所、共建西双版纳普洱茶研究院、共建云南省农科院中国茶业股份有限公司普洱茶研究院

院属研究所（17个）：粮食作物研究所、园艺作物研究所、农业经济与信息研究所、经济作物研究所、生物技术与种质资源研究所、花卉研究所、农业环境资源研究所、质量标准与检测技术研究所、农产品加工研究所、国际农业研究所、茶叶研究所、热带亚热带经济作物研究所、高山经济植物研究所、热区生态农业研究所、蚕桑蜂蜜研究所、甘蔗研究所、药用植物研究所

根据2017年11月机构官网显示，院内有7类数据库资源可供搜索。

根据2017年11月机构官网显示，院内有9类品种作物资源可供查询。

根据2017年11月机构官网显示，“十二五”以来，全院获省部级以上科技奖励72项，其中国家科技进步二等奖1项；通过国家和省级审（认、鉴）定、登记农作物新品种236个，国审品种数占全省的100%；新品种保护授权70项、专利授权195项。

《云南农业科技》是云南省农业科学院主办的国内外公开发行的综合性农业科技期刊，为全国优秀农业期刊，云南省优秀科技期刊；入选中国期刊全文数据库（CJFD）、中国核心期刊（遴选）数据库等。

《西南农业学报》入选中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国农业核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊、中国科学引文数据库库源期刊。

2020年11月20日，入选“第六届全国文明单位”名单。

根据2017年11月机构官网显示，科学院与云南大学、云南农业大学、华中农业大学、昆明理工大学、中国农业科学院研究生院、大理学院等6所院校签订了联合培养研究生的协议。

2007年，机构与中国农业科学院研究生院签订了合作培养研究生协议，在院内建立了云南教学点。

农业

根据2017年11月机构官网显示，科学院内科技人员56人次入选各合作高等院校研究生导师或兼职教授，联合培养研究生63人，在院内攻读研究生80余人；院内研究生学业奖学金为8千元/人至1.1万元/人；研究生国家奖学金为博士研究生每年3万元/人，硕士每年2万元/人。

笃耕云岭、致惠民生

云南省农业科学院院标由蓝色与绿色两个同心圆组成，科学院中英文环绕在外部蓝色同心圆，内部下方有科学院英文缩写“YAAS”，两边环绕着黄色的麦穗；中心有一个飞舞的白色标识，类似于人形以及植物胚芽，象征人民生活与农业的息息相关。