协会的宗旨是坚持以马列主义、
毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，团结和组织云南省在昆高校和科研院所全体女高级知识分子，利用知识女性的优势，发挥其聪明才智，为振兴云南经济，促进社会发展，在与全国同步建设小康社会中发挥积极作用。维护知识妇女的权益，为云南省教育、科技领域的广大妇女的成长、成才创造良好的社会环境，提供可靠的支持、帮助与服务。
协会组织机构为：最高权力机构为会员代表大会，执行机构为常务理事会。协会设会长1人，副会长若干人，秘书长、副秘书长各1人，组成常务理事会。在省属在昆高校和科研院所设立分会。现有
云南师范大学、昆明医学院、
云南民族大学、
云南艺术学院、
云南财经大学、
云南广播电视大学、西南林学院、云南中医学院和云南医学高等专科学校等10所院校成立了分会。