云南省文物考古研究所是我省唯一具有考古发掘团体领队资格和文物保护工程勘察设计甲级资质的机构，主要承担云南省境内的文物考古调查、勘探、发掘和研究，文物建筑维修勘察设计、指导和文物建筑（包括彩画、石刻等）科技保护任务，并对全省各州（市）、县（区）的文物工作进行业务指导。工作职能是：开展文物考古研究，弘扬云南民族文化。
云南省文物考古研究所是专门从事文物考古发掘与研究，
古脊椎动物与
古人类化石的发掘与研究，古建筑的勘察和维修设计的科学研究机构。1959年，云南省文物工作队成立，1988年9月4、详细地址8日，该所经云南省编制委员会批准在原云南省文物工作队的基础上成立。同年12月8日，
云南省文化厅任命了第一任所长胡振东。所内现设有田野考古研究室、文物保护研究室、古人类与古脊椎动物研究室、标本资料室和办公室。
2022年1月5日，经研究，国家文物局同意将云南省文物考古研究所考古发掘资质证书法定代表人变更为刘正雄，主管单位变更为云南省文化和旅游厅，并更换《中华人民共和国考古发掘资质证书》，对相关机构信息进行变更。
1988年后云南文物考古进入快速发展期，江川李家山青铜墓地第二次发掘和昆明羊甫头青铜墓地发掘分别入选1992年度和1999年度中国十大考古新发现。2000年后，省文物考古研究所围绕“滇文化起源考古”、“云南边疆考古”、“人类起源”、“云贵高原史前考古”等重点课题，积极开展主动性考古。“十五”期间，省文物考古研究所先后主持完成了50多条高速和高等级公路、两条铁路、10个水电站淹没区以及6个电厂扩建区的文物考古调查。富源大河旧石器遗址发掘、剑川海门口遗址第三次发掘分别入选2006年度和2008年度中国考古新发现。机构资质机构现有在职人员有32人，其中高级研究人员11人、中级研究人员12人、初级研究人员5人、管理人员4人。
该所是云南省仅有的一个具有文物考古发掘团体领队资格的单位。成立10余年来，坚持“保护为主、抢救第一”的方针，并遵循“考古发掘要配合做好大型基本建设项目的考古勘探、调查、发掘工作”的原则而开展工作，先后完成了国家和省部级基本建设区域内及其它文物调查、发掘与研究项目60余项，抢救出土文物数万余件。其中江川李家山青铜时代古墓群第二次发掘和官渡羊甫头古墓群发掘先后评为1992年度和1999年度全国十大考古发现之一。重要的考古发掘研究项目如元谋古猿化石地点、永平光街新石器时代遗址、通海海东新石器时代贝丘遗址、玉溪刺桐关青铜时代早期遗址、龙陵大花石新石器时代遗址、元江洼垤青铜时代墓群、晋宁石寨山古墓群、曲靖横大路古墓群、个旧黑马井东汉墓和大理大丰乐火葬墓等发掘与研究，以及大理唐宋太和城城址的考古调查工作等，都在国内外产生了积极的影响。完成云南国家级和省级文物保护单位维修工程方案设计与技术咨询16项，其中重要的如
云南陆军讲武堂、建水朝阳楼、安宁连然文庙、会泽万寿宫、丽江大宝积宫、通海文庙等古建筑的维修设计。
在研究方面，开展了云南古人类、青铜器、唐宋南诏大理考古等方面的研究，完成了《中国文物地图．云南分册》的编辑，已出版《云南考古文集》第一集，整理发表文物考古调查报告、发掘报告和科研论文等约80余篇。先后与意大利、泰国、瑞士、日本、美国、越南等国的文物考古机构，以及国内其它考古机构进行了学术交流与合作，并取得了丰硕的成果。云南省文物考古研究所热忱欢迎国内外同仁志士前来参与合作与交流，共同为保护、开发、研究云南的文物与考古做出贡献。