2009年4月29日，云南省烟草农业科学研究院成立庆典暨揭牌仪式在玉溪举行，原云南省烟草科学研究所正式更名为云南省烟草农业科学研究院。
国家烟草专卖局副局长张保振和云南省副省长曹建方共同为研究院揭牌。
云南省烟草农业科学研究院前身为云南省烟草科学研究所，是云南省烟草专卖局（公司）的直属单位，2011年内将搬迁到春城昆明市中心城区内。云南省烟草农业科学研究院为云南烟草的发展做出了辉煌的贡献，是云南省最重要的烟草农业科研机构，在全国烟草研究领域也占有非常重要的地位，并与国外烟草研究领域保持着密切的学术交流联系。拥有国际先进的科研、分析测试仪器200多台（套），能够承担与烟草研究相关的各种科研任务；拥有占地200多亩的科研试验基地，可承担各种田间试验任务；拥有较完善的考核激励机制，倡导“团队、创新”，共同目标是打造“国内一流、国际知名”的科研院所。
云南省烟草农业科学研究院、中国烟草育种研究（南方）中心为云南省烟草专卖局（公司）直属的、从事烟草农业基础性研究和应用性研究的科研机构，是云南省唯一的烟草农业科研专业机构。研究院（中心）共设8个机构，有员工95名，拥有国家级先进的科研与分析仪器设备280余台（套）和相关实验室，能够承担与烟草农业相关的各种科研任务。