清道光十 年(1830年)， 由郑嘉柏等义举重修庵寺，留下碑记为证。国内革命战争时期，该寺是
革命武装活动的基地，1934年毁于战火。1993年冬，经上级批准，由居士郑炎华等策划复建云莲寺。
在广大信众和海内外人士的鼎力支持下，云莲寺现已建成圆通宝殿、大雄宝殿、万佛塔、荷花池、地藏王阁、药师佛阁、慈云宫、钟鼓楼、僧舍、客房、斋菜馆、百步阶、芳名亭、外山门等， 并修通4.7公里的环山水泥公路。 寺中照明、 通讯、自来水等生活设施齐全，为信众旅游食宿提供极大便利。
云莲寺
地理位置优越，环境幽雅，背靠崇山峻岭、悬崖峭壁，左右青龙白虎夹护，前面象鼻山逶迤而来印斗朝拱，远方公平水库和
红花地水库如镜辉耀。胜地嵯峨．有捧天浴日之奇。
寺前茂林藏秀，流泉响奇，沿阶而上，赏心悦目。有“罗汉脚”、“金龟望月”、“木鱼朝天”等奇岩异石．自然风光雄、奇、险、幽，使人叹为观止。寺中还有玄云祖师手植的山桔和油甘树，300余年犹开花结果，生机盎然。并有该寺镇山之宝——玄云祖师遗传下来的汉白玉石香炉、石舂臼等文物。
2000年，云莲寺礼请时任省佛教协会会长新成大和尚任方丈，成立寺务委员会，郑炎华居士任副主任，负责寺院的日常管理工作。根据《
宗教事务条例》等宗教法规和佛教有关教制规定，建立健全管理制度，制定了《广东省海丰县莲花山云莲寺民主管理规定》共5款40条。
寺务委员会认真落实民主管理规定，加强寺院管理和道风建设，努力建设和谐文明的佛教活动场所，寺院各项工作逐步规范化。2001年、2002年被汕尾市表彰为“佛教文明寺庵”，2004年9月被
广东省佛教协会表彰为“佛教先进集体”，2004年12月被省民族宗教委授予“广东省文明宗教活动场所”称号，2007年12月又被省佛教协会授予“模范寺院”称号，2008年4月被省民族宗教委授予“广东省模范宗教活动场所”称号。