亚马孙河口，漏斗状的强潮河口，横亘于巴西东北部，注入大西洋。是由亚马孙河和托坎廷斯河这两条不同水系的河口汇合而成的。径流量大，涌潮汹涌。感潮河段长约1400多公里，口门处宽约300公里，古鲁帕附近束狭至 40公里左右。
地处热带雨林区,降水量在2000毫米以上,有干、湿季之分，大多数雨水来自湿季。最大流量225000米3/秒；最小流量90000米3/秒，分别出现在 5～6月和11～12月。平均流量175000米3/秒，相当于刚果河的4倍,密西西比河的10倍。亚马孙河每年入海水量69300亿立方米，占全世界入海总径流量的五分之一，若铺展成10米厚的水层，其面积与北海（57.5万平方公里）相当。
年平均输沙量为10亿吨，其中主要为粉砂和粘土。含沙量有明显的季节变化，湿季各月平均最大含沙量为125毫克/升;而干季为22毫克/升。粗物质在下游河段沉积，形成一系列沙岛。其中以亚马孙河口和帕拉河口之间的
马拉若岛为最大。长290公里，宽161公里。亚马孙河口由沙岛分为北槽和南槽与帕拉河口成为 3条主要的入海通道。输出的泥沙有95%是以悬移方式入海的。
潮汐属半日潮型，
最大潮差约11.8米，在马拉卡岛附近，自此向海和向上游均逐渐减小。潮流流速为 2.5米/秒。由于口门宽阔,向上
束狭的河势，及河道中沙岛众多，阻力大，导致涌潮现象（当地称Pororoco），潮高约1～2米，枯水时可达 5米左右。其势甚为壮观，在离岸1～2公里处可闻其声。洪水大潮若与强风相遇，水位大幅度上涨，可达15～30米，致使两岸低地严重泛滥。
洪季冲淡水（盐度小于10）流出口门后在口外形成100～180公里的混水区；在沿岸则形成平均宽约60公里，向西北延伸长达2000公里的混浊带。河水挟带的沉积物沿途参与了苏里南和圭亚那沿岸海滩剖面和奥利诺科河三角洲的塑造。口外水域可分为3带：即在盐度0～10的范围内，含陆源物质多，水呈棕色，为陆源物质带；盐度10～15的水域，水中含有众多硅藻，呈绿色，为生物物质带；盐度大于25的水域，水呈蓝色，为蓝色海水区。
口外海滨，流系十分复杂。圭亚那海流强劲，流速在0.25～2.00米/秒之间。3～4月,北巴西沿岸流──南
赤道流的一分支,与圭亚那海流汇合时流速为1.10米/秒；向南还有一股较弱的沿岸流。盐度分层现象显著，干季在口外60～185公里的内陆架上，湿季在口外80～230公里范围内。
口外在40米等深线以内的内陆架，沉积物以细粒物质为主，这与大陆架上的经典沉积模式，即内陆架为粗粒物质，中陆架为细粒物质，外陆架为
残留沉积物正好相反。这是由于：①亚马孙河的细粒沉积物（主要是粉砂和粘土）及
再悬浮的细粒物质在内陆架上沉积；②第四
纪海平面波动的影响。低海面时，大部分沉积物从亚马孙谷地向深海搬运；高海面时细粒沉积物堆积在近岸，形成内陆架上的淤泥堆积。亚马孙河挟带了巨量的泥沙，由于大部分粗粒物质在口门附近沉积形成众多沙岛，一部分悬移质被沿岸流向西北搬运，加上地体下沉，因此，未能塑造出宽阔的水下三角洲。河口区江宽水深，平均深度60米左右,最深处90米,7000吨级的海轮可直达马瑙斯。亚马孙热带雨林蕴藏着丰富的自然资源，但有待于进一步开发。口外海域盛产鲈、鲻、鲭、鳕等鱼类，是拉美地区三大渔场之一。