50-70年代，铁路工程专业调整到上海铁道学院，道路工程专业则留在同济大学继续发展，并于80年代在全国率先开设
交通工程专业，道路交通学科发展成为同济大学在国内具有重要地位，得到国际认同的优势学科。2000年，随着
上海铁道大学与同济大学的合并，集中两校道路与机场工程、城市轨道与铁道工程、交通工程与
交通运输管理，交通信息工程等方面的师资力量，组建了
同济大学交通运输工程学院，形成并加强了陆上交通运输领域内教学与科研的综合优势。
学院现设有道路与机场工程系、城市轨道与铁道工程系、交通工程系，运输管理工程系，交通信息工程系，道路与交通工程研究所、道路安全环境研究所、智能交通运输系统研究中心、交通信息通讯联合实验中心等单位，并拥有全国道路与交通领域唯一国家级实验室-教育部道路与交通工程重点实验室。学院现有教职员工170人，其中教授及高级技术职称31名，
副教授及副高级技术职称40名，博士研究生导师25名。学院现有在校本科生770多人，硕士研究生397多人，博士研究生236多人。2005年招收的本科生198多人，硕士研究生143人，博士研究生81人。
交通运输工程学院是首批获得交通运输一级学科博士点的院校，拥有
道路与铁道工程、
交通运输规划与管理、交通信息工程与控制、
载运工具运用工程四个二级学科的博士点与硕士点，以及道路与铁道工程和交通运输规划与管理
博士后流动站。
交通运输工程学科为同济大学的优势学科和优先发展学科，先后被确定为
上海市重点学科、
国家重点学科和'211工程'重点建设学科。2001年道路与铁道工程、交通运输规划与管理被评为国家级重点学科。