中华人民共和国交通运输部水运局是中华人民共和国交通运输部内设机构。现任局长为李天碧。

负责水路建设和运输市场监管工作，拟订水路工程建设、维护、运营和水路运输、航政、港政相关政策、制度和技术标准并监督实施；负责国家重点水路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；负责港口、航道及设施、通航建筑物、引航管理工作；负责船舶代理、理货、港口设施保安、无船承运、船舶交易等管理工作；负责国际和国境河流运输及航道管理工作；负责起草水路有关规费政策并监督实施；负责对台运输管理工作；负责组织协调国家重点物资运输和紧急客货水路运输；负责起草港口安全生产政策和应急预案，组织实施应急处置工作。

局长：李天碧

副局长：郭青松

2021年1月29日，被授予“中央和国家机关创建模范机关先进单位”称号。

2022年4月，交通运输部北海第一救助飞行队飞行管理部团支部被共青团中央授予全国五四红旗团支部称号。