1999年，澳门回归祖国四十八天前。澳门司警马振成 （
杜汶泽饰） 因惹上官司遭上司停职，警察生涯即将终结。马振成与伙计仍然夜蒲，他郁郁不欢之际，却误打误撞遇上一名神秘少女张碧欣 （
梁洛施饰）。张碧欣随之跟着马振成回家，醉酒醒来的马振成以为与对方有过一夜情，岂料欣竟声称是成与初恋情人分手后诞下的女儿，令成错愕不已。
欣因欠租数月以致无家可归，其心爱的西施狗Isabella亦被无良业主赶走，下落不明。成突然发现自己身为父亲，希望能弥补以往的责任，因此这对重逢的父女展开了一段寻犬奇遇。欣其后坚决要与成同住，一向作风放任的成生活顿起变化。
欣与成之女友琼 （
焯匀饰） 一碰面便水火不容，而成亦要应付暗恋欣的男同学 （
曾国祥饰），引发连番趣事，亦令两个互不相识的人重拾家庭温暖。
成为了自保，企图以身犯险令自己得以脱罪。成之上司兼好友 （
黄秋生饰） 亦屡劝无效。但此时，成却突然发现欣的真正身份。两父女努力建立的家庭生活，即将面临瓦解。
《伊莎贝拉》的灵感源于彭浩翔与杜汶泽的一次闲聊，他偶然问起杜汶泽，从前的女友会不会有一个和他有爱的结晶，一下子引发了杜汶泽的兴趣，他还为这个故事提供了很多细节。原本不成熟的故事，在经过两个男人反复讨论之后，渐渐明朗化。拍完《AV》后，第一稿剧本正好完成。彭浩翔就跟杜汶泽商量开拍了。
《伊莎贝拉》中彭浩翔刻意选择放弃强烈的戏剧效果，转为采用透过生活琐碎事和父女之间的絮语，作为剧情的推进，交织出一段澳门回归前的父女悲歌。其中金培达选择的葡国风情声声动人，可惜音乐比重加大的同时，影片也更多地陷于“意识流”之中，导演意图的缺失也更为明显。（新浪娱乐评）。
《伊莎贝拉》让男性、“父”的形象重新回归到叙事的中心，回归到主体的位置，显现出“离岛”的殖民过去不再以抵御和恐惧的心态来应对以“中原”父权文化为载体的强势“国家”想象。在彭浩翔的澳门故事里看到了一个留着希望的美丽结局（光明网评）。
《伊莎贝拉》空有其表，葡式风情，忧郁得无处不在的音乐几乎要抢去了风头，父女相认的暧昧和温情浅尝辄止。根本的问题就在于彭浩翔自己也不知道要说什么，就是一个人到中年的男人突然冒出来一个女儿，这个意念很有趣，但最终指向哪里，他内心没有答案，所以玩一些手法欲盖弥彰，搞点风景养养眼，但内里是空的（南方网评）。