公元三世纪至四世纪，大约在五胡乱华时期，有一支中国人为避战乱兵祸，漂洋过海，辗转来到日本。他们被日本人称为“秦”人。秦人移居日本，除了带去先进的纺织工艺和兴修水利工程的技术外，还带去了对当时日本人来说全新的表演形式——“新乐”。“新乐”与中国武术、孙子兵法相融合，产生出忍术，其发源地在伊贺地区（
大和民族东征之前，
伊贺跟
甲贺两地是不分的，这里都被称作IGA。后来因为在室町与战国时代，这两百年间地名分开，所以流派也慢慢分开，形成了所谓“伊贺流”与“甲贺流”，其实是异派同源）。
伊贺流忍术流传于日本的
三重县伊贺市、名张市。平常务农，或行商各地收集情报，战时则活跃于战场或后方。与隔山的甲贺流相异之处，在于甲贺流忍者对主君尽忠，但是伊贺流忍者与雇主之间仅有金钱契约的雇佣关系。
川上仁一，1949年生，日本伊贺流派第21代掌门人，被视作日本“最后的忍者”。川上6岁就入门伊贺流派，拜师上一代掌门人伊志田正三。18岁时，川上仁一成为第21代掌门人，继承了忍者秘籍和忍术工具。不过他认为，忍者根本不适合生活在现代，自己不打算招收任何真正意义上的弟子，伊贺流派将终结于第21代。川上现担任日本伊贺市伊贺流派忍者博物馆名誉馆长，对外介绍忍者与忍术历史，推广忍者文化。
2012年11月，日美联合军演于当地时间5日起在以冲绳为主的日本多地举行。在日美联合军演同时，日方向美国陆军1000名士兵展示了伊贺流忍者技艺，其中包括伊贺流难得一见的火药术。美军士兵表示对这项技艺十分感兴趣，此次的“忍术演习”作为日美文化交流的一部分，是在美方的强烈要求下实现的。