1911年10月10日爆发了
武昌起义。各省纷纷响应，脱离清政府，宣布独立。奉省的革命党人
张榕、
蓝天蔚等紧密磋商，秘密酝酿起义。
1911年11月12日，
东三省总督赵尔巽在
张作霖的支持下，成立了奉天国民保安公会，赵尔巽任会长，伍祥祯、
吴景濂任副会长，
袁金铠任参议总长，
蒋方震、
张榕任参议副长。这个保安公会实质是个变相的保皇会。
1913年，二次革命爆发后，伍祥祯率所部随
北洋军南下镇压，8月12日湖南为形势所迫取消独立，9月17日
袁世凯令
汤芗铭率楚有等四艘浅水舰驶入岳州，派第三师
曹锟部进驻岳州，又以第三十九旅旅长伍祥祯为岳州
镇守使。伍祥祯率部进驻
岳阳、长沙。
1914年8月，中央陆军第20师步兵第39旅扩编成中央陆军第4混成旅。伍祥祯仍任
旅长。
1915年2月20日，
袁世凯授
陈宧以参谋次长身份会办四川军务。命其率伍祥祯、
冯玉祥、
李炳之三混成旅入川， 5月28日，伍祥祯率部随
陈宦抵达成都。随后被任命为川南镇守使。12月25日，
唐继尧、
蔡锷等通电各省，宣告云南独立，并组织护国军，向四川、贵州、广西三路出兵讨袁。伍祥祯奉命守叙州。伍祥祯在禹王宫召集地方人士，为袁张目。开明绅士赵清熙厉声斥道：“
袁世凯既称人民公仆，理应替人民服务，爱惜人民、保护人民，为何要做皇帝？我实在不能公认他！”一时满座皆惊。但伍祥祯并没有治他的罪。
1916年1月21日，护国军第一梯团邓泰中、杨榛支队打败汉军张占鸿和伍祥祯的
北洋军第四混成旅，占领川南重镇叙府（
宜宾），
袁世凯和
陈宧极为震怒，罢免伍祥祯的川南镇守使职务，责令其戴罪立功和
冯玉祥、朱登五收复叙府。2月5日，
冯玉祥、朱登五、丁博霄收复叙府之战失败。3月2日，再战，
冯玉祥、伍祥祯击败护国军收复叙府。随着形势发展，
陈宦与护国军议和，4月25日，伍祥祯率部回成都。
伍祥祯退了军界后，回到家乡华坪县大水井。1922年3月朱德、金汉鼎等将领因反云南军阀
唐继尧失败，被迫离开昆明，入川来到金沙江，朱德等人过江后，当晚在大水井伍祥祯家食宿，受到热情招待。第2天早饭过后，整装起程，伍祥祯安排其弟亲自给朱德等人带路，送往棉花地向盐边县方向赶路。