休眠孢子囊(resting sporangium) 是指一些鞭毛菌有性生殖产生的厚壁休眠结构。休眠后萌发释放出多个游动孢子。不同种类鞭毛菌形成休眠孢子囊的方式及其萌发发育等各有区别。

真异水霉的休眠孢子囊是在无性的双倍体的菌体上形成的，内含约12个双倍体的核，在萌发早期发生减数分裂，形成48个游动孢子；油壶菌科真菌的有性生殖形成一个双鞭毛的接合子，进入寄主体内，形成一个厚壁休眠孢子囊，荫发时形成游动孢子；集壶菌属的休眠孢子囊起着一个原孢子囊的作用，在萌发时由内孢壁凸出来形成一泡囊，并在泡囊内分化出一个单生的孢子囊，内含游动孢子。