位点（Locus：Loci as pl）：染色体上一个基因或者标记的位置。位点有时特指DNA上有表达功能的部分。

某些限制性内切酶对同一底物的不同位点切割效率不同，这种现象被称为内切酶的位点优势效应。1975年，Thomas和Davis发现EcoRI并不是随机切割λDNA分子上的5个识别位点，其中对λDNA右侧位点的切割速率比中间位点快10倍。Forsblum等发现EcoRI对腺病毒-2不同位点的切割速率不同。Nath和Azzolina则发现EcoRI和HindIII对λDNA不同位点的切割速率有10倍和14倍的差别。Brown和Smith则发现HgaI对?X174某些位点的切割效率明显要高于其它位点。Gingeras和Brooks报道，腺病毒-2上的CTCGAG序列很难被PaeR7I切割，却很容易被PaeR7I的同裂酶XboI切割，这是一个相邻序列影响切割效率的典型例子，CTCGAG5′末端的CT序列降低了切割效率。以上实例中，甲基化不是影响切割速率的因素。

某些酶只能切割有两个识别序列的底物DNA分子。例如，BspMI、SfiI和NgoMIV为同源四聚体蛋白，它们结合2个识别序列，并同时切开4个磷酸二酯键。这些酶的底物DNA分子上必须有两个识别位点，当只有一个识别序列时，切割就变得相当困难。这种现象虽不是很普遍，但在IIs型内切酶中还是相当常见的。这些酶通常情况下为单体，但切割两条链时会很快结合形成二聚体。这些酶包括FokI、BsgI、BpmI和MboII。另外一些酶，如EcoRII和NaeI所需的两个识别位点中，一个位点作为目标被切割，另一位点作为变构因子协助切割。对这些酶而言，第二个协助切割的位点可以在底物DNA上，也可以以寡核苷酸的形式存在。HpaII、NarI和SacII在某些底物的一些位点切割效率很低，或是干脆无法切开，其作用机制尚不明了。

限制性内切酶的一些特性可引起位点优势效应。例如，只有一个识别位点的质粒很难被NaeI、NarI和BspMI切开。pBR322有四个NarI识别位点，在标准条件下，1单位的NarI在1小时内可完全切开其中的两个位点，而即使加入50单位的NarI过夜消化16小时也不能将另外的两个位点完全切开。同样地，pBR322的四个NaeI识别位点中，有两个很容易被切开，第三个被切开的速率较慢，而剩下的一个最难，切割速率仅为前者的1/50。NarI和NaeI在λDNA上各有一个识别位点，但即使加大酶的用量，它们也只能部分切开λDNA。SacII在λDNA上有4个识别位点，其中3个位于序列中间，这些位点的切割速率是剩下的那个靠近右末端位点(第40,386碱基)的50倍。因此这些酶的活力单性的定义均以腺病毒-2为底物，它们在腺病毒-2上有10个以上的识别位点。例如，NarI或NaeI的活性单位定义为：50 μl反应体系，1小时内完全切割1 μg 腺病毒-2 DNA所需要的酶量。

site-specific recombination 位点特异性重组：重组的一类，只发生在特异DNA区域，有短的同源顺序，重组的蛋白不是rec 系统而是int 等，如噬菌体l 的定点插入。

我们可以看到，同源重组一般都在染色体内仍按DNA序列的原来排列次序。但是在所谓位点特异性重组（site-specific recombination）中，DNA节段的相对位置发生了移动，从而得到不同的结果─DNA序列发生重排。位点特异性重组不依赖于DNA顺序的同源性（虽然亦可有很短的同源序列），而依赖于能与某些酶相结合的DNA序列的存在。这些特异的酶能催化DNA链的断裂和重新连接，它们能发动位点特异性重组作用.而在同源重组中，暴露出一些能与RecA这样的蛋白质相结合的顺序，从而发动交叉重组。λ噬菌体DNA能通过重组作用整合进E.coli染色体的特异位点，成为前病毒（provirus，或称前噬菌体，prophage）。λ的整合作用有两个特点：①这种交换是可逆的，原先存在的DNA顺序全部被保存下来，并无丢失；②噬菌体和细菌的DNA之间有一段很短的同源序列，重组交换必须通过其中的一个特定的核苷酸。这两个特点也就是位点特异性重组的共同特点。