1590年
石田三成成为城主（注：年份可能有异），开始进行大规模的增筑，建立了一座五层天守的
城堡。曾被人称为“石田三成配不上的两样重要的事物，一是
岛左近，另一是佐和山城。”但是三成长时间逗留伏见城。
关原之战西军败战后，第二天以
小早川秀秋为主力的部队对城池进行攻击。在城主三成不在作出猛烈防守。战胜利，东军以为是一座非常豪华的城堡，然而城池没有作出任何的修饰。
此后，
德川家康派遣了
井伊直政成为城主，可惜领本对于三成的善政仍然无法忘记，为此，直政著手准备筑起新的城池，名为
彦根城。但是1602年死前，仍然未有任何计划。直政次男直孝，开始利用佐和山城的筑材建造彦根城。废城的年份为1606年，现今只剩下部份的土垒，土垒于2001年发现。