杭州市余杭区疾病预防控制中心成立于2000年11月，拥有在编职工82人，各类专业技术人员 74人（其中正高4人，副高8人，中级 30人，初级32人）。
内设
传染病防治科、
地方病慢性病防治科、
结核病防治科、
艾滋病性病防治科、
卫生科、公共卫生应急与信息管理科、
健康教育促进科、检验科、
免疫规划管理科、预防保健门诊部10个业务科室和中心办公室、综合业务科和总务科3个职能管理科室。
主要承担着全区的
疾病控制和预防、突发公共卫生事件应急处置、
疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、
实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等七大工作任务。