1949年，考进长沙一所新建小学当起了教员。当年报考解放军四野后勤军需学校录取。军需学校主要为军队和地方培养财务人员。在经过一年左右的劳动锻炼、政治学习和业务培训后，余秉坚被分派到当时的
中南军政委员会财政部，在经济建设财务处从事企业财务管理工作。1952年，余秉坚又被选调入中央财政部的经济建设财务司工作。
1956年，毛主席到财政部调研，提出财政部要进行学科研究，应成立科研机构，
财政部财政科学研究所应运而生。余秉坚又被抽调入财科所从事企业财务管理研究，开始了他10年的科研生涯，这也使他有了更多时间充实自己的财务管理理论知识。
1979年初，财政部工作全面恢复，恢复会计制度司建制。同年夏，余秉坚被调回财政部，并被安排到会计司一处工作。进入会计司，余秉坚的第一项工作就是协助筹备召开
中国会计学会成立大会，并为文革后的第一次全国会计工作会议做前期准备。1979年底，全国会计学会和财政学会同时成立。
1990年代初，年近六旬的余秉坚到了中国会计学会任职。他与会计学会有着很深的渊源，不仅协助组织成立中国会计学会是他回到会计司的第一项工作，会计学会的会刊《会计研究》也是他积极参与创办起来的。