余罪（
张一山饰）设计让郑潮（杜胤伟饰）自立门户，从而离间他和傅国生（
张锦程饰），最终使警方成功抓获郑潮。随后余罪接替郑潮的位置，让自己的兄弟同他一同卧底在贩毒集团。余罪为让傅国生失去另一助手，从而只有余罪这一个选择，而设计除去走私团伙的裴渔。与此同时，林宇婧（
吴优饰）主动申请成为卧底协助余罪。因为余罪父亲的出现让余罪陷入被傅国生怀疑的危险之中，傅国生派焦涛（
于笑饰）调查余罪的父亲，焦涛得知余罪警察身份，但最终余罪将嫌疑成功转移到焦涛身上。本来打算隐退的傅国生听从沈嘉文（
徐冬冬饰）的话打算后一次贩毒，而这一切都在警方的掌控之中。警方抓捕傅国生从而得知沈嘉文的真正身份后前去抓捕。案件结束余罪将要归队时得知安嘉璐（
孙佳雨饰）被人带走，随即决定一人前往营救。
《余罪第二季》改编自常书欣的同名小说《余罪》中的一部分，剧组在2014年拿到小说的影视改编版权，整部剧的剧本由编剧团队花费六个月的时间完成，而《余罪第二季》的编剧团队与第一季相同。
《余罪第二季》收到好评的原因有几点，一是，警匪剧、悬疑剧一直是受欢迎，受期待的题材；二是，余罪这个人物设定本身受到观众喜爱；三是，剧情紧凑，环环相扣；四是，即使有三俗内容，但却能做到点到为止，尺度拿捏很棒。（界面新闻评）
《余罪第二季》播出后的口碑两极分化，一方面主角的演技得到观众和原著作者的肯定，而另一方面原著作者和读者则表示编剧“未看原著小说”。原著里的警官许平秋虽然手狠，但很正统，做法无可指责。但在网剧里，许平秋身上的职责、信仰、忠诚，并都没体现出来，余罪身上有的内涵也不见了，转换得过于生硬。（中国日报评）