侧翼序列（flanking sequence）指存在于编码区第一个外显子和最末一个外显子的外侧的一段不被翻译的核苷酸序列。

在每个割裂基因中，第一个外显子的上游，和最末一个外显子的下游，都有一段不被转录的非编码区，称为侧翼序列（flankingsequence），包括启动子、增强子以及终止子等对DNA转录起调控作用的DNA序列。

侧翼序列含有基因调控序列，如5’ 端含有的启动子、 增强子，3' 端含有的终止子和多聚腺苷酸信号等，对基因表达起重要的调控作用。

在应用PCR技术分析DNA遗传多态性分析时， 侧翼序列常表示目的片段两侧与引物之间的保守序列。

启动子是RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合位点和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游，启动子本身不被转录。

也有一些启动子（如tRNA启动子）位于转录起始点的下游，这些DNA序列可以被转录。

启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。

增强子是DNA上一小段可与蛋白质结合的区域，与蛋白质结合之后，基因的转录作用将会加强。增强子可能位于基因上游，也可能位于下游。且不一定接近所要作用的基因，甚至不一定与基因位于同一染色体。这是因为染色质的缠绕结构，使序列上相隔很远的位置也有机会相互接触。

终止子是给予RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列。

在遗传学中，沉默子是一段能够结合转录调节因子的DNA序列，这种转录因子称为阻遏蛋白。与增强子对DNA转录的加强作用相反，沉默子会抑制DNA的转录过程。DNA上的基因是mRNA合成的模板，而mRNA最终被翻译成蛋白质。当沉默子存在时，阻遏蛋白结合到沉默子DNA序列上，会阻碍RNA聚合酶转录DNA序列，从而阻碍RNA翻译为蛋白质的过程。因此，沉默子可以阻碍基因的表达。