“保教权”指的是16世纪西班牙与萄葡牙二国对殖民地传教区的保护政策，到后来却发展成为对传教区的支配权。中国传教区先是在萄葡牙的保教权下，18世纪，随着葡牙帝国海上霸权的衰落，中国天主教的保教权逐渐转至法帝国，在第二次鸦片战争之后，在一系列不平等条约中，法国将传教自由、设立教堂自由写入“条约”之中，意即对华天主教享有“保教权”，如果说，早期葡萄牙对华天主教的“保教权”含有殖民主义色彩的话，那么，清末法国对华的“保教权”则含有相当的侵略主义色彩。“保教权”也成了教会之间表达共融的一个鸿沟。
林则徐的虎口禁烟引发了中英战争，在英帝国的坚船利炮淫威之下，清政府被迫签定了第一个丧权辱国的《南京条约》，使清政府割让香港，开放广州、厦门、福州、宁波、上海五口岸为通商口岸。
定于1842年的《中英南京条约》，使各国列强看出清政府在城下之盟后面所隐隐浮出的腐朽无能，纷纷要求利益均沾，其中法帝国主义迫使清政府于1844年签定了《中法黄埔条约》，在条约中均列入清政府准许天主教自由传播，在五口岸地方法兰西人犯有大小等罪均照法兰西例处理，中国政府无权过问。而1858年的中法《天津条约》更签定：“天主教原以劝人行善为本，凡奉教之人，皆全获保佑其家”。两年后“联军又来进犯，连陷津沽，直达北京火烧圆明园，迫签《北京条约》，此条约对传教也有规定，所没收之教堂政府一律发还；准许传教士在各省租买田地建造自便”。
清末时间的政府，彻底的解除了雍、乾及嘉庆百年来的禁教谕令，从此门户洞开。由于传教士领有法国领事裁判特权的保护，于是在全国各地广置教产，自由传教，“从此以后，传教士不必再躲躲藏藏了，且享有官厅的保护，甚至有些传教士一当教友被控告于官厅时，他们竟出而袒护，但条约不能左右中国人民敌视外人的感情，也不能阻止流血事件的发生，因此，教士和教徒们牺牲的事件时有所闻”。 由于解除百年大禁之后，教会一下子自由了，且由于许多传教士借列强保护下的民族优越感，严重的挫伤了中国人民的民族感情。是条约“将教会与帝国主义联系在一起了，因此种下了仇教的种子，由此生出了无数的教案与教难”。 全国各地都不同程度的发生了教案事件，仅1856年至1899年间就发生了三百余起。影响比较大的教案有：广西西林教案、贵州教案、天津教案等，其愈演愈烈，最后竟导致“扶清灭洋”的
义和团运动。一方面，教难频仍此起彼伏，“烧教堂，杀洋人”的浪潮席卷全国。另一方面法帝国主义借保教权为由横加干涉，借机扩展其势力范围，而许多传教士则藉其荫庇横行霸道。以致有人感慨的说：“中国天主教在此后五六年中大概要靠着上述各种条约的条款……生存着”。 当时的情形确是照这种趋势在发展。而这时，信教人数大增。是许多中国人到教堂里来躲避时乱，更可借此显赫的外衣来耀武扬威，或是吃官司之后，来寻求庇护的。数目是增长了，却造成了良莠不齐、鱼龙混杂的情形。在史式徽所著的《江南传教史》中详实的描述了这种情形。
这时的教会能够自由传教，购买田地，靠山无非是帝国主义的势力撤消教禁并承其荫庇。而修建教堂，派遣传教士等教会事务，则须由法国驻京领事馆来处理或代管，而中国教会与罗马教廷之间没有直接的上下联系。即使有，也得通过法国领事馆来做中转。