保税港站是重庆轨道交通4号线与重庆轨道交通9号线的换乘车站，4号线车站编号为404，9号线车站编号为919。

2018年12月28日，保税港站随重庆轨道交通4号线的开通而投入运营。

2022年1月25日，保税港站通行重庆轨道交通9号线。

2023年2月13日，保税港站1A、1C出入口开通；2月15日，保税港站4号出入口开通；6月30日，保税港站3号出入口开通。

保税港站设4个出入口。3号、4号出入口暂不开通；1号出入口位于金山站公交枢纽大门旁；2号出入口位于茅溪吉安园小区门口；3号出入口位于茅溪公交站东南方50m；4号出入口位于鲁能新城外滩入口附近50m。保税港站1A、1C出入口于2023年2月13日开通。