修饰基因指本身具有或者没有任何表型效应，是和另一突变基因同时存在便会影响另一基因的表现程度的基因。如果本身具有同一表型效应则和累加基因没有区别。

具有此种作用的基因即为修饰基因。

对主基因的作用有各种各样修饰作用的基因称为修饰基因。

单独的修饰基因表面上并不显有作用。在哺乳动物中尽管存在决定毛色呈黑色的主基因。但已知有多种灰色、褐色或黄色等使颜色淡化的隐性修饰基因群存在的例子（W．E．Castle．1954）。这些修饰基因似乎能使色素量减少，当主基因决定白化时，不论什么修饰基因都不显示作用。已知还存在着抑制性地干扰主基因作用的修饰基因，例如鸡中存在着能抑制色素形成的显性修饰基因（F．B．Hutt．1949），这些修饰基因对主要基因是上位关系。