北京大学元培学院是北京大学下设的二级学院。

2001年，元培计划管理委员会成立，元培计划开始实施。

2007年，元培学院成立。

2006年，北大－耶鲁联合培养本科生项目在元培学院开始实施。

2008年2月，签署 《北京大学元培学院与香港中文大学善衡书院本科学生交换计划备忘录》，开拓了两校特色学院合作交流的新渠道；同年，首个跨学科专业——“古生物学”专业成立。

2009年5月，元培学院获国家级优秀教学成果一等奖，元培学院成为教育部首批“国家创新人才培养改革计划实验区”。

2015年，建设通识教育核心课程。

2016年，北京大学实行全校本科教育改革，在更大范围内落实自由选课和自主选择专业制度。

2018年9月，元培与全校各院系合作，建设更丰富的新生讨论班和更多样的通识教育核心课程，进一步完善学院通识教育体系。

据2024年5月学院官网显示，学院开设第6个跨学科专业，学院学生可以选择北京大学开设的任何专业与课程。

据2024年5月学院官网显示，学院采用导师制度，现今为第六届导师，共计60位。

据2023年12月学院官网显示，学院以自由选择专业与课程、前瞻性课程体系、高水平通识课程、多样化实践育人、全方位入学教育为教学特色。

据2009年北京大学新闻网报道，学生共参与校长基金项目93项，莙政基金项目22项，国家创新计划项目33项，北京市创业计划项目4项，教育基金项目8项，总计共224人次。参加科研学生人数逐年增加，达到同年级在校生的37%以上。

据2024年5月学院官网显示，学院交流项目有“东亚研究”联合项目、新加坡国立大学交换生项目、李韶计划、境外交流支持计划。

截至2023年10月，北京大学元培学院与北京大学对接了校内33个实验室与研究中心。

据2009年北京大学新闻网报道，学院01至06级01级9个基金项目全部结项，并写出了有份量的科研论文，其中有3项被评为学校优秀论文，优秀率居全校之首；有多篇科研基金项目论文及其他论文在《物理学报》《社会》《中国物理快报》《J.Phys.Chem》《J.Mol.Biol》《Biochem.J》《Inorg.Chem》等国内外重要学术期刊上发表。

院徽是北京大学元培学院的标志，它由一个白色的古建筑和元培学院中文和英文组成。