克孜勒河位于
喀什地区北部，属喀什噶尔河水系，发源于塔吉克斯坦境内海拔6048米的特拉普齐亚峰（即列宁峰），全长778公里，在我国境内约600多公里，自西向东流经克孜勒苏柯尔克孜自治州乌恰县，喀什地区的
疏附县、
疏勒县、喀什市、伽师市、巴楚县，最后与叶尔羌河相遇，汇入塔里木河流域，流经水域面积15100平方公里。灌溉耕地215万亩，荒地170万亩，是喀什地区第二大河流。
克孜勒河属典型的帕米尔高原混合型河流，由特拉普齐亚峰冰川积雪融化并于春夏季接纳天山与帕米尔高原各地的大量雨水和山隙泉水汇集而成。由于补给来源较丰富，水流形势也比较稳定。
正常年径流量为20.59亿立方米，多水年份可达22.8亿立方米，少水年份也有17.65亿立方米，年均流量为67.1立方米/秒。每年11月下旬至次年2月为枯水期，最小流量为9.60立方米/秒。
克孜勒河为顺向河谷，上游因流经山区，水质良好，宜于人畜饮用和农田灌溉，中下游因流经极易侵蚀的第三纪红色泥岩底层，故河流中年平均含沙量多达5.93千克/立方米，而且泥沙颗粒极细，使整个河流浑浊而呈红褐色，“克孜勒河”也因此而得名。加之喀什地区气候干燥，雨量稀少，蒸发强烈，河水易浓缩，矿化度高，不宜于人饮用。但河水中所含丰富的钙离子和硫酸根离子，对改良碱土却有极好的中和作用，是浇灌小麦等农作物的良好水源。
因此，尽管克孜勒河大部分河段河水浑浊，但河中仍有野生鲫鱼、条鳅、尖嘴臂鳞等水生动物和野鸭、红嘴鸭、翠鸟等水禽生活栖息。克孜勒河上所建的大小19座水库，5个水文站和2座水电站，对调节克孜勒河的水流量起着重要的作用。