根据作用机制，又可分为5类：(1)细胞因子合成抑制剂，CsA类、FK506；(2)细胞因子作用抑制剂：RPM，Leflunomide；(3)DNA或RNA合成抑制剂：MZ、RS61443、BQR；可能还有Leflunomide；(4)细胞成熟抑制剂：DSG；(5)非特异性抑制细胞生长诱导剂：SKF105685。

糖皮质激素作为免疫抑制药物用于临床的历史已经很长。其抗炎、免疫抑制作用已得到充分的证实。糖皮质激素的免疫抑制作用与其用药剂量密切相关。常规治疗剂量下，其免疫学作用主要表现在减少淋巴细胞产生细胞因子，影响T细胞激活，影响细胞间的免疫黏附。但在大剂量使用进行冲击治疗时，还可通过直接作用造成淋巴细胞溶解和凋亡，以达到快速有效地抑制免疫反应的目的。主要副作用是可引起代谢紊乱、高血糖、高血脂、高血压。可以说移植术后不少并发症是与使用大量激素有关的，目前总的倾向是尽可能减少其用量或停用，但移植界对此尚有争论。

CsA及其类似物(CsG、SDZIMM125)和Tacrolimus(FK506)为细胞因子合成抑制剂，抑制T细胞的细胞因子基因转录，阻断T细胞产生IL-2，干扰T细胞活化。它们在G0/G1期交界处阻断T细胞激活、主要特异性地作用于T细胞或经T细胞受体复合物启动的T细胞依赖性功能，属T细胞早期激活的抑制剂。由于这一作用是干扰钙依赖性信号传导途径，因此它们也抑制其他钙依赖性信号转导途径引导的生理过程，如脱粒作用。CsA和FK506已被FDA批准用于临床，特别是CsA的应用广泛推动了各种器官移植的迅速发展，带来了临床同种器官移植的新时代。其余药物尚处于临床试验阶段，它们主要的副作用是具有肾毒性。

雷帕霉素(rapamycin)及其衍生物SDZRAD在G1/S期交界处通过干扰非钙依赖性途径阻断细胞周期，为T细胞晚期激活抑制剂。它们不抑制T细胞的细胞因子基因转录，而是阻断IL-2受体和其他生长因子向细胞核转导信号，对于T细胞这种干扰主要涉及CD28抗原，而通过相似途径的B细胞激活也可被直接影响。这些药物作用的确切机制仍不清楚。动物实验显示，雷帕霉素作为一种新型免疫抑制剂，其作用不仅是抑制免疫细胞，而且抑制血管平滑肌增生和移行，减轻慢性排斥反应。现雷帕霉素已被FDA批准用于临床。SDZRAD是一种新型口服雷帕霉素，具有更优越的药物动力学特性，目前正行临床试验，将有更大的临床价值。