国务院议事协调机构，具体工作由国家卫生和计划生育委员会（卫生部于2013年3月和国家计划生育委员会合并）承担。全国爱国卫生运动委员会办公室设在国家卫生和计划生育委员会疾病预防控制局。

全国爱国卫生运动委员会是国务院议事协调机构，全国爱国卫生运动委员会办公室是全国爱国卫生运动委员会的办事机构，全国爱国卫生运动委员会办公室设在国家卫生和计划委员会疾病预防控制局。成员包括国家卫生计生委、发展改革委、住房城乡建设部、农业部、环境保护部、中央宣传部等32个单位。

1952年3月，成立中央防疫委员会。

1957年9月，全国兴起“除四害，讲卫生，消灭疾病，振奋精神，移风易俗，改造国家”的爱国卫生运动。不久，中央防疫委员会改称爱国卫生运动委员会。十年动乱期间，爱国卫生运动遭遇了挫折。

1978年4月，重新成立中央爱国卫生运动委员会。

1998年3月，成立国家卫生部疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。

2013年3月，成立国家卫生和计划生育委员会疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。