除了灵长类这一特殊的类群之外,全部现生与化石有胎盘类中,最基本的也是最重要的是食虫目(Insec-tivora)和
踝节目(Condylarthra)。食虫目中可能包括灵长目、食肉目及蝙蝠等小型兽类的祖先。踝节目是一个完全绝灭的目,几乎一切现生及绝灭的有蹄类哺乳动物目可能都是由这一目中衍生出来的。鲸等海生兽类可能来自古肉食类的祖先。
最早的食虫类化石主要发现于北美西部(落基山脉地区)及亚洲(主要是蒙古人民共和国)的下白垩统(距今约一亿余年)。中国辽宁阜新的
远藤兽 (Endotherium),时代可能为晚侏罗世或稍晚,可能是现知最早的有胎盘类的化石。最早的灵长类化石发现于美国蒙大拿州(晚白垩世),最早的踝节类也发现于同一层位。
约6500万年前,白垩纪结束,恐龙及许多爬行动物绝灭,有胎盘类或真兽类,在以食虫目及踝节目为主的基础上迅速分化发展。在古新世开始时(6500万年前),不仅出现了大量小的食虫、食肉动物,而且出现了好几种大型的有蹄类,它们取代了一些绝灭的中生代爬行类,占据了它们空出来的生境。这是哺乳动物出现后,其历史上第二次,也是最迅速多样的分化。从踝节目中,特别是从其中的
伪齿兽科(Phenacodontidae),发展出早期的奇蹄目和偶蹄目,可能还有长鼻目及好几个完全绝灭的
古有蹄类。化石分布最广的是全齿目(Pantodonta)及
恐角目(Dinocerata),它们的身体小的与狐、狗相近,大的近似牛或河马。
在新生代哺乳动物的传播与分布上,北美与亚洲间白令海区的白令陆桥(Beringia)、
巴拿马地峡、印度次大陆陆块在始新世(约5000万年前)时与“古亚洲大陆”撞接及“古地中海”(包括亚洲部分;Thethys Sea)的消失(或南移)与青藏高原的隆起等,对近代哺乳类(主要是真兽类)的分布面貌、各地兽类区系的组成起着重要的作用。