公共组织结构是指公共组织基本要素的组合方式和互动模式。科学、合理规范的组织结构是实现公共组织资源优化配置的关键。关于公共组织结构的划分，可谓众说纷纭、莫衷一是如在陈振明教授主编的《公共管理学》（第二版），作者将公共组织结构分为直线结构、职能结构、直线一职能结构、矩阵结构，以及纵向结构和横向结构; 在张兴杰教授主编的《行政管理学》，作者将行政组织结构区分为宏观结构（包含横向结构和纵向结构）、微观结构。公共组织结构区分为纵向公共组织结构和横向公共组织结构。

公共组织纵向结构，是指公共组织的纵向分层，即各级政府上下级之间、各级政府组成部门的上下级之间所存在领导与被领导关系的等级模式。纵向结构体现公共组织之间的命令服从关系、报告关系和隶属关系。欲完善公共组织的纵向结构，有必要处理好管理层次和管理幅度之间的关系。依照相关法规，当前我国公共组织纵向结构分为五级:一是中央人民政府，即国务院;二是省、自治区、直辖市、特别行政区; 三是自治州、设区的市（地区、盟）; 四是县、自治县、不设区的市（旗、自治旗）、市辖区; 五是乡、民族乡、镇。