在人的身体内，住着数以万亿计的细菌和其他微生物。它们寄生在人们的皮肤、生殖器、口腔，特别是肠道等部位。实际上，
人体细胞并不是人体内数量最多的细胞，共生细菌的数量是人体细胞的10倍。由微生物细胞和它们所包含的基因组成的细菌群落，不仅不会危害我们的健康，反而对人体有益，能帮助身体进行消化、生长和防御。
普林斯顿大学的生物学家BonnieBassler曾经举过一个例子：一个人大约有1万亿个人体细胞，而他体内的细菌数量却可以多达10万亿个。所以某种意义上，当我们看到一个人在大街上走的时候，我们看到的90%是细菌。
人体内的共生菌分布很广，理论上，任何可以和环境接触的地方都有共生菌的存在——皮肤，眼睛，呼吸道黏膜上都存在着不同的微生物。不过，它们大多数存在于消化系统，尤其是大肠里。这些共生菌与我们互利互惠，建立起双赢的关系。一方面，我们温暖湿润的脏器为它们提供相对安全稳定的生活环境以及丰富的营养物质；另一方面，这些细菌参与食物消化代谢、帮助我们抵御外敌，对人体健康有着重要意义。所以有人把它们称为“被遗忘的器官”。
人从很小的时候开始，体内就有一个
微生物群落，当然，这些细菌并不是与生俱来的。每个人都是在与周围环境接触的过程中，渐渐形成自己的共生细菌群落的。一般说来，子宫内没有细菌，所以生命之初的胎儿是真正无菌的个体。但是，当新生儿通过产道时，母亲体内的共生细菌，就会转移到婴儿身上，并开始繁殖。随着与父母、祖父母、兄弟姐妹、朋友，还有床单、毯子、宠物等的接触，婴儿体内的细菌会变得越来越多，到婴幼儿晚期，人体内已经形成了地球上最复杂的微生物群落。
每种共生细菌都有自己的“身份证”16S核糖体RNA基因，在每种细菌中，这种基因都不一样。该基因可以编码核糖体中特定的RNA分子（核糖体是细胞中负责合成蛋白质的机器）。科学家试图通过确定这类基因的序列，打造一本“人体细菌手册”。这样，我们就可以知道自己体内有哪些细菌，和别人体内的细菌有什么不同。
在美国和欧洲，各有一组科学家利用计算机和超快的
基因测序仪新技术，对人体内的细菌基因进行统计。2010年初，欧洲小组发表了他们对人体消化系统中细菌基因数目的统计结果330万个基因(来自1000多个菌种)，差不多是人类基因数量的150倍（人类有2万~2.5万个基因）。
在研究人体内细菌群落的过程中，有许多令人惊奇的发现比如，你几乎找不到细菌群落组成完全一样的两个人，即使是
同卵双胞胎。
利于健康方面 发表于<免疫学>（Immunity）杂志上的一项研究中，来自宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的微生物学副教授DavidArtis博士及博士后研究人员MichaelAbt证实这些共生细菌也是对抗病毒感染的必要条件。这些微生物伙伴通过多种途径提供有利的帮助，从帮助消化食物到形成健康
免疫系统。
致病因素 但是，即使是最有益的细菌，如果它们在不恰当的地方大量滋生的话，也可能导致严重的疾病。比如，细菌跑到血液中，就会导致败血症；进入腹部器官之间的组织网络中，就会导致腹膜炎。