宋代始建
宋
咸平元年(998年)，诸生方仪、陈诩倡捐钱30万，首筑兴化军学正殿，塑孔子、十哲像。次年，拨官钱30万，建三礼堂、御书阁。
绍兴十九年(1149年)教授徐士龙请得官钱1300万，改作东庙西学制，有学舍480间，大成殿及门额皆御书。
淳熙四年(1177年)火毁军学，知军翁作砺复修，讲堂改称道化堂。
绍熙二年(1191年)置学田，建忠恕堂、十斋舍、经史库及祭器库。
嘉熙二年(1238年)增生员廪食。
淳祐六年(1246年)建尊经阁。
元代延革
元朝，改称兴化路学，筑杏坛，建尊德、尚贤二堂。至顺元年(1330年)附设蒙古字学，定生员27人，肆习蒙文，兼学汉文。至正二十八年(1368年)附设小学，别置阴阳学、医学正科。
明代兴盛
明洪武二年(1369年)，改称兴化府学，废蒙古字学。道化堂易称明伦堂，并设志道、据德、依仁、游艺四斋。建会膳堂、米廪、神厨、宰牲所。
永乐四年(1406年)通判孙文、教授傅显立建
进士题名碑。景泰元年(1450年)建教谕、训导二衙。
成化五年(1469年)教授王镛析建举人、进士题名碑2座。嘉靖十年(1531年)奉诏称大成殿为先师殿，并建启圣祠，祀孔丘之父启圣公。
嘉靖四十一年(1562年)倭寇毁府学。嘉靖四十三年(1564年)郡人御史林润奏请拨官银3万两修建米廪、祭器库、乐器库、宰牲所、膳堂及名宦祠、乡贤祠、教谕衙、露台、敬一亭、尊经阁、泮池、广桥及学斋舍40间，会文楼1座。
清代废止
清康熙十三年(1674年)府学毁于兵灾。康熙二十一年(1682年)，知府苏昌臣复建，并建圣城、贤关两坊。
雍正二年(1724年)，圣庙火毁，旋即重修，改称文庙。
光绪三十年(1904年)，诏令罢科举兴学堂，于是府学废。泮池、广桥遗址今存。
民国新生
民国时期，新式学堂兴起，曾任学官的郭兆禄到新式官立学堂兴郡中学担任监学。