1、病死动物无害化处理并不彻底,随意抛弃河流造成河流污染,严重的可能会滋生疫病.
2、动物排泄物收集处理困难,个别地区还有水源地大面积水产养殖的区域.
3、养殖生产中附设物品造成对周边环境的影响,土壤污染和空气污染.
面对这种情况，国务院2013年7月份出台了《畜禽养殖污染防治条例（征求意见稿）》，明确提出了畜禽养殖污染防治办法及具体措施。但就农村的实际情况看，养殖业污染问题未得到有效遏制。
1、提倡生态养殖,科学养殖,环保养殖等最新养殖技术.
2、清洁养殖场卫生环境,减少病原菌的生成.
3、改善养殖场微观环境卫生,节约经费开支.
4、消除异味,处理畜牧养殖污水.
5、促使动物粪便积肥,提高生产有机肥的效率和质量.
6、对养殖生产中附属物品采用正确处理方法.
《畜禽规模养殖污染防治条例》近日由国务院总理李克强签署国务院令，《
畜禽规模养殖污染防治条例》（下称《条例》）自2014年1月1日起施行。条例的出台将推动畜禽养殖业加强科学规划布局、加强环保设施建设，为实现畜禽养殖产业发展与环境保护的和谐统一提供有力的制度保障。此次《条例》明确规定，畜禽养殖场、养殖小区应当建设相应的畜禽粪便、雨污分流设施，畜禽粪便、污水贮存设施，有机肥加工、制取沼气、沼渣沼液分离和输送、污水处理、畜禽尸体处理等综合利用和
无害化处理设施。《条例》还要求县级以上人民政府有关主管部门编制畜牧业发展规划和畜禽养殖污染防治规划，统筹考虑环境承载能力以及畜禽养殖污染防治要求，合理布局，科学确定畜禽养殖的品种、规模、总量。新建、改建、扩建畜禽养殖场、养殖小区，都应当符合规划，并进行环境影响评价。