内城巡警总厅是一个机构名。清末管理京师内城治安、司法、巡捕等一切警务的行政机关。

光绪三十一年（1905）九月由原内城工巡局改置，隶于巡警部。设厅丞一人，总领厅属一切事务。内部分设三处、五所：总务处，掌考核、任免厅属官员及管理机要文牍、收发经费、统计报告等项事宜，下设警事、机要、文牍、支应、统计五股， 分掌各事；警务处，掌警卫治安、整饬风俗、编查户口、交涉外事、督捕讯办、交通建筑等项事宜， 下设护卫、治安、交涉、刑事、户籍、正俗、交通、建筑、营业九股，分掌各事；卫生处，掌管清道、防疫、医药、医疗等项事宜；事务所，掌收发文移、押解人犯、发放马匹草料及管理夫役等事；巡查所，掌稽查各分厅岗位路线、救护火灾、弹压暴乱及巡查保卫等项事宜；守卫所，掌站岗放哨、接收呈控诉状等项事宜；军装所，掌购置、保存军装、器具及修理枪械等项事宜；刑事巡查所，掌密查、侦探案件及检查广告、传单、集会等项事宜。

三处各设参事一人总领处务，各股分设股长、副股长、股员各一人及书记官、司书生等办理本科事务；五所各设巡官、巡长、巡警分掌所属事务。此外，还有直辖机构内城中、南、东、西、北五分厅（下设若干区）及内城官医院。光绪三十二年九月改巡警部为民政部，遂隶于民政部。分原警务处为二处：行政处掌管原护卫、治安、交涉、户籍、营业、正俗、建筑、交通八股之事，司法处掌办原刑事股之事。并改处之主官参事为佥事，改处下各股为科，改股长、副股长、股员为科长、副科长、科员，并改内城五分厅为中、左、右三分厅。光绪三十三年升总厅为三品衙门，次年减内城二十六区为十三区。宣统元年（1909）复裁内城三分厅，十三区直辖于总厅，其原直辖机构仍旧，并增设戒烟局、警务队、侦缉队。