中华人民共和国内蒙古出入境边防检查总站（加挂
内蒙古自治区公安厅边境管理总队牌子）由国家移民管理局垂直领导，正局级。
中华人民共和国内蒙古出入境边防检查总站前身为武警内蒙古自治区边防总队（
内蒙古自治区公安边防总队）。
（一）组织领导所属出入境边防检查站实施出入国（边）境人员、交通运输工具出入境边防检查，口岸限定区域管理，审核签发外国人临时入境许可，实施边控工作，防范查处非法入出境活动。
（二）组织领导所属边境管理支队实施进出边境管理区人员、交通运输工具检查管理，边境地区治安、户籍管理，边境地区出入境通行证等签发管理，防范查处非法入出境活动，侦办妨害国（边）境管理犯罪案件，协助查处边境地区其他刑事犯罪活动。
2022年4月，内蒙古出入境边防检查总站呼伦贝尔边境管理支队北屯边境派出所被表彰为“全国优秀公安基层单位”，内蒙古出入境边防检查总站满洲里边检站执勤一队被表彰为“全国公安机关爱民模范集体”。