内蒙古农业大学成立于1952年，是内蒙古自治区创办最早的本科高等学校。其前身为内蒙古畜牧兽医学院，是由当时的河北、平原两农学院的畜牧兽医系合并成立，随后又有山西农学院的兽医专业并入，当时设有畜牧、兽医两个系两个专业，其目的是培养动物饲养及兽医两个专业的高级技术人才，为内蒙古广大牧区的畜牧事业服务。

中央人民政府主席毛泽东同志签署任命了第一任院长。建校之初，全院有教师12人，其中教授4人、副教授1人，学生126人。1958年8月，学院增设农学系，在畜牧系增设全国第一个草原专业。1959年2月，内蒙古农牧学校、农业干部学校、牧业干部学校并入内蒙古畜牧兽医学院。1960年9月，内蒙古畜牧兽医学院更名为内蒙古农牧学院。

1958年11月，内蒙古林学院在内蒙古扎兰屯市成立，这是为适应内蒙古作为全国林业生产基地的需要，党和国家在少数民族地区建立的第一所高等林业院校。当时学院有3个系4个专业：林学系、森林采伐运输工业系和林产加工工艺系，有专任教师43人，其中包括来自东北林学院和北京林学院的10名教师。1960年8月，内蒙古林学院从扎兰屯市迁至呼和浩特市。

1999年，经内蒙古自治区政府决定，教育部批准，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并组建内蒙古农业大学。两校悠久的办学历史、丰富的办学资源、宝贵的办学经验不仅为内蒙古农业大学的可持续发展奠定了坚实的基础，也为内蒙古自治区高等教育办学体制改革提供了可资借鉴的经验。2000年，内蒙古农业大学被确定为国家西部大开发重点支持建设的14所院校之一，被教育部批准为联合建设的“国家大学生文化素质教育基地”院校之一。同时，内蒙古农业大学也是国家草业学会会长单位。学校下设的职业技术学院是全国高等职业技术教育示范院校建设单位。