内蒙古科学技术出版社成立于1982年7月21日，前身是
辽宁人民出版社蒙文编译室。随着行政区划的变更，辽宁人民出版社蒙文编译室于1979年7月改名为
内蒙古人民出版社昭乌达编译室。当时，主要出版政治理论、文学艺术、科学技术类的图书。1982年国家出版局下达“〔82〕出版字第373号”文件，将内蒙古人民出版社昭乌达编译室改建为内蒙古科学技术出版社，出版方向确定为蒙古文自然科学类图书。
内蒙古科学技术出版社现有在岗职工50名、离退休人员25名。下设总编室、第一编辑室、第二编辑室、第三编辑室、第四编辑室、发行部、图书开发部、行政办公室、北京蒙科文化有限公司等9个职能科室。
建设初始主要出版政治理论、文学艺术、科学技术、青少年读物等综合性图书。1982年国家出版局下达“〔82〕出版字第373号”文件，将内蒙古人民出版社昭乌达编译室改建为内蒙古科学技术出版社，出版方向确定为蒙古文自然科学类图书。
1997年全国新闻出版系统先进集体；1998年和2000年连续两届被评为全国良好出版社；2004年被评为全国服务“三农”图书出版发行工作先进单位；2006年被命名为全国新闻出版行业服务
社会主义新农村建设出版发行先进单位；1997年被命名为内蒙古自治区新闻出版行业精神文明示范单位；2001年荣获内蒙古自治区图书编校质量优胜奖。
建社以来，我社共出版蒙汉文图书2000多种。其中，《中国少数民族传统医药大系》《蒙古族民俗百科全书·经济卷》《蒙医传统疗法大成》《蒙古人与马——蒙古族马文化大全》等4种图书荣获中国图书奖；《蒙医学新论》《蒙古文信息处理》等2种图书荣获国家图书奖；《草原之子廷·巴特尔》一书荣获全国“五个一工程”奖；《蒙医药注释大辞典》一书荣获首届
中国出版政府奖；《药物鉴别法》等3种图书荣获世界传统医学优秀科技成果奖；《蒙古民族服饰》《中国针灸临床与应用丛书》（汉文）等190多种图书分别荣获中国民族图书奖、全国优秀科技图书奖和内蒙古图书奖等省部级以上奖。
内蒙古科学技术出版社，始终坚持“为人民服务、为社会主义服务，以普及为主、兼顾提高”的出书方针；“注重地区特色、民族特点”的出书风格；“立足本区、面向全国、走向世界”的发展蓝图，为民族地区的经济建设、科技进步及劳动者素质的提高做出了积极的贡献。