内设科级机构7个：办公室、《内蒙古艺术》汉文编辑部、《内蒙古艺术》蒙文编辑部、文化艺术档案资料中心、数据库资料中心、舞台表演艺术研究室、非物质文化遗产保护研究室。核定事业编制38名。
开展民族民间艺术科学基础理论和应用理论研究；组织艺术理论研讨活动，探索文化艺术发展规律；收集、整理、保护、研究以及开发民族民间文化艺术资源；对濒危的民族民间文化艺术遗产进行抢救性保护与研究；保管利用文化艺术档案，受文化厅委托，行使全区文化艺术档案的指导、检查和监督工作；编辑出版国内外公开发行的艺术类学术性期刊。
2019年11月，《国家级非物质文化遗产代表性项目保护单位名单》公布，内蒙古自治区艺术研究所（内蒙古自治区艺术档案馆）获得“蒙古族呼麦、
蒙古族马头琴音乐、蒙古族长调民歌”项目保护单位资格。