1966年5月，“文化大革命”
开始后，在极“左”思潮和群众运动的冲击下，自治区人民委员会工作陷于瘫痪。1967年6月，自治区革命委员会筹备小组成立，11月1日，内蒙古自治区革命委员会正式
成立，取代了内蒙古自治区党委、人民委员会的职能。内蒙古自治区革命委员会由19名常委、85名委员组成，设主任1人、副主任4人。
1969年2月，经中共中央批准，东部区呼伦贝尔盟、哲里木盟、昭乌达盟分别划归黑龙江、吉林、辽宁3省，西部区阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗分别划归宁夏回族自治区和甘肃省。1975年8月，国务院批准，撤销乌达市和海勃湾市，合并设立乌海市(地级)，隶属内蒙古自治区。
1969年12月19日，中共中央发布《关于内蒙古实行分区全面军管的决定》，责成北京军区对内蒙古自治区实行全面军管。北京军区组成内蒙古自治区前线指挥所(简称“前指”)，进驻呼和浩特市，领导军管，实行对内蒙古自治区的一元化领导。内蒙古自治区革命委员会在“前指”党的领导小组领导下进行工作。北京军区抽人组成“前指”办事机构。
在北京军区内蒙古自治区“前指”的统一指挥下，包头市、巴彦淖尔盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、呼和浩特市、伊克昭盟等地区的革命委员会和军分区(警备区)，分别由63军、65军、69军、27军组成“前指”，实行分区全面军管。