1945年11月，内蒙古自治运动联合会成立。为了培养军政干部， 1946年3月15日，由内蒙古自治运动联合会与中共冀热辽分局商定在昭盟赤峰创办的内蒙古自治学院正式开学。

新民主主义延安陕北公学来的汪士汉、李啸风等，有蒙古族蒙汉语兼通的知识分子戈瓦、王松龄、清格尔泰、浩路等。师生全部享受供给制待遇。是年7月，乌兰夫调内蒙古军政学院教务处长齐永存来自治学院任教育长，调军政学院工作的布赫、李明等八九位干部充实自治学院的干部队伍。同时建立了由齐永存任书记的学院党支部，在学员中发展党员，发挥党组织的战斗堡垒作用。

自治学院开设政治理论课（内容有社会发展史、社会常识、中国革命问题、民族政策、毛泽东著作等）、青年修养、国内外时事，蒙古语文等。理论课采用上大课、听报告、分组讨论、辅导教师释疑解难的教学方式。

自治学院的工作由教务处（主任王松龄）和总务处（主任图布）管理。此外还设有业余文工队，布赫任艺术指导。王焰、珠兰等六七位文艺爱好者为骨干队员。1946年4月，内蒙古自治运动联合会以文工队为基础，建立了内蒙古文工团。可以说内蒙古的第一个专业文艺团体是自治学院奠定的基础。

内蒙古军政学院由张家口迁至林东，两校合并后，由左智任副教育长和党支部副书记。取消了中学部，行政部编为5个班，有3个蒙语班、2个汉语班，重点进行革命的启蒙教育，使学生认识国民党反动派是蒙汉人民的共同敌人，跟着共产党实现民族解放。军事部扩大为3个中队。

内蒙古军政大学。6月赤峰解放，学院重返赤峰，撤销了军事部，恢复中学部，增设高中班、蒙文班、普通班和师范班；共招收学生300多人。8月，中共冀热辽分局决定将设在赤峰的建国学院（后改行政学院）、鲁迅艺术学院与内蒙古自治学院合并，成立冀热辽联合大学。由分局宣传部长赵毅敏任校长。

自治学院的办学特点有四：一是学习与实践相结合；二是学员在艰苦条件下学习，发扬延安作风；三是开展生动活泼的文艺活动，宣传群众；四是校办工厂、农牧场。学员一边学习，一边劳动，还支援了解放战争。

学院开办三年多，共发展中共党员240名，青年团员146名，培养和培训干部2000多名，是三所院校培养人数最多的一所。学员成为自治区各级领导干部、科技人员、艺术家、医生、教师等，为内蒙古的革命和建设做出重要贡献。