内部审计程序是国家规定的内部审计机构处理审计工作必须进行的步骤。系法律所确认，具有法律效力。据国家审计署 《关于内部审计工作的若干规定》第9条的要求。

其主要程序是：(1) 依据上级部署和本单位具体情况，拟订审计工作计划，报经本单位领导批准后，制订审计方案，进行审计工作。(2) 对审计中发现的问题，可随时向有关单位和人员提出改进意见。审计终了，应提出审计报告，在征求被审计单位的意见后，报送本单位领导，重要的应同时报送同级国家审计机关。(3) 对重大审计事项作出的处理决定，须报经本单位领导批准。经批准的处理决定，被审计单位必须执行。(4) 被审计单位对处理决定如有异议，可在15日内向本单位负责人或上级内部审计机构提出申诉; 对部门内部审计机构的处理决定如有异议，可向部门负责人提出申诉。单位负责人、上级内部审计机构和部门负责人，应在接到申诉30日内作出处理，对不适当的处理决定予以纠正。申诉期间，原审计处理决定应照常执行。